Geboren 1537 te Talavera (Toledo). In 1554 kwam hij in de orde der Jezuieten.
Van 1561—65 leerde hij in Rome Theologie. Daarna ging hij naar Sicilië.
Van 1569—74 was hij in Parijs, waar hij voorlezingen hield over Thomas Aquinas. In 1574 trok hij zich in het college te Toledo terug.
Hij stierf 1624. Zijn voornaamste werken zijn: Joannis Marianae historiae de rebus Hispaniae libri 25 (1591) en De rege et regis institutione libri 3 (1599).
In dit laatste boek verdedigt Mariana de volkssouvereiniteit en den tyrannenmoord, en hij bestrijdt de godsdienstvrijheid en rechtvaardigt de inquisitie. De Sorbonne censureerde het boek, het Fransche parlement liet het verbranden, de Spaansche regeering verbood het om het Parijssche hof gerust te stellen.
In Frankrijk verschenen in 1610 na den moord op Hendrik IV verschillende Anti-Mariana. Mariana schreef ook nog een boek, dat eerst na zijn dood uitgegeven werd en dat tot titel droeg Discursus de erroribus. qui in forma gubernationis Soc. fesu occurrunt.
In dat boek werd het despotieke bestuur van den generaal der Orde aangetoond en bestreden. In Spanje werd het boek verboden.
