Isolatiefolter is het apart opsluiten van gevangenen als disciplinaire straf of omdat zij een bedreiging voor anderen vormen, waarbij het stelselmatig onthouden van sensore prikkels als natuurlijk licht en geluid en van omgang met andere mensen de grootste martelingen zijn.
Isolatie, bijvoorbeeld van gevangenen en psychiatrische patiënten (separatie genoemd) is gerechtvaardigd wanneer de noodzaak daartoe aantoonbaar is, er geen sprake is van discriminerende of wrede behandeling en de beslissing bij een rechter kan worden aangevochten. Het langdurig isoleren van gevangenen in centra voor maximale veiligheid (Engels: maximum security prisons), zoals van de Duitse RAF-gevangenen in de jaren zeventig, heeft aanleiding gegeven tot klachten over isolatiefolter.
Gevolgen van isolatiefolter zijn onder meer algemene pijngevoelens, desoriëntatie, concentratieverlies, slapeloosheid en waandenkbeelden. Amnesty International voert actie tegen isolatiefolter als een vorm van marteling.
