(Fr.: autochtone; Du.: autochthon, bodeneigen; Eng.: autochtonous, indigenous), in de algemeen geologische betekenis: zonder horizontale verplaatsing, in tegenstelling tot allochtoon: van op afstand afkomstig, term in gebruik voor gesteenten (bijv. allochtone kalksteenafzettingen gevormd door niet verplaatste, meestal vastzittende organismen zoals koraalriffen), ertsen en steenkoolafzettingen (gekarakteriseerd door fossiele verticale boomstammen met horizontale wortels).
Soms wordt de term autochtoon gebruikt als synoniem voor anatexitisch voor gesteenten, ontstaan door metasomatisme en gekarakteriseerd door een geleidelijke overgang naar de omringende gneizen en migmatieten (zie Petrologie).Het woord autochtoon wordt vooral gebruikt in verband met gebergtevorming; in dit verband duidt het de formaties aan die, eventueel geplooid, samengedrukt en opgeheven kunnen zijn, maar geen of slechts een geringe horizontale verplaatsing ondergaan hebben en die onder de dekbladen van een alpien plooiingsgebergte voorkomen en soms dagzomen. Een autochtone plooi (Fr.: pli autochtone; Du.: wurzelfechte Falte; Eng.: rooted fold) is een plooi die steeds verbonden is met zijn wortel.
Bij de theorie van de bestendigheid van de continenten karakteriseert men deze als autochtoon, wat impliceert dat ze gedurende de geologische tijden geen horizontale beweging ondergingen. Deze theorie staat tegenover de nu algemeen aanvaarde laterale verplaatsingen of drift, zgn. sea floor spreading (zeevloerspreiding) en plaat- en globale tektoniek.