Ned. hervormd kerkhistoricus, *9.1.1859 Hoogwoud, †26.2.1926 Rotterdam. Pijper studeerde te Leiden.
Van 1882–97 was hij predikant en van 1897–1924 hoogleraar te Leiden. Zijn belangstelling ging uit naar het middeleeuwse christendom en de Reformatie in Nederland. Zijn belangrijkste werk was de uitgave, met S.Cramer, van de Bibliotheca Reformatoria Neerlandica (10 dln. 1903–14). Werken: Jan Utenhove (diss. 1883), Geschiedenis van boete en biecht (2 dln. 1891), Middeleeuwsch christendom (2 dln. 1907–11), Erasmus en de Ned. reformatie (1907), De kloosters (1916), Handboek tot de gesch. der christel. kunst (1917), Het modernisme en andere stromingen in de katholieke kerk (1921), Martelaarsboeken (1924).