Het voorm. Caeciliagasthuis (Caeciliastraat 63-67) is een carrévormig gebouw met rechthoekige binnenplaats. Het is ontstaan uit het 15de-eeuwse St.-Caeciliaklooster.
De stad liet de zuidvleugel in 1596 verbouwen tot dol- en pesthuis en in de loop van de 17de eeuw groeide het complex uit tot stadsziekenhuis. Rond 1720 gaf de medicus en natuuronderzoeker Herman Boerhaave hier praktijkonderwijs.
De hoge zuidvleugel bevat restanten van de kloosterkapel en heeft een laat-middel-eeuws houtskelet en zware kruisvensters. In de rij proveniershuisjes aan de oostzijde bevindt zich een laat-gotische toegangspoort (Vrouwenkerksteeg) met daarboven een maniëristisch cartouche (mogelijk uit 1596).
Aan de binnenplaatszijde van de noordvleugel staat een poort uit 1662 met de wapens van de regenten en de rentmeester. Sinds de restauratie rond 1980 biedt het onderdak aan het Museum Boerhaave, gewijd aan de geschiedenis van de natuurwetenschappen en de geneeskunde.
De nieuwe hoofdingang bevindt zich in het voorm. turfmagazijn uit 1669, een door Willem van der Helm ontworpen gebouw met rondboogvensters en, boven de ingang, het gekroonde stadswapen.
