Het Prinsenhof en de Waalse kerk (Oude Delft 179-181) werden in 1402 gesticht als St.-Agathaklooster, nadat enkele zusters behorend tot de derde orde van St. Franciscus in 1390 een pand aan de Oude Delft hadden betrokken.
De bijbehorende laat-gotische en vijfzijdig gesloten kapel werd vóór 1414 gewijd. Tussen 1467 en 1471 verlengde men het koor richting Oude Delft en verrees tegen de sluiting een inwendig met stergewelven uitgevoerde sacristie (buitengevel vernieuwd 1755).Zoals voor dergelijke vrouwenkloosters gebruikelijk, kreeg het westelijke deel van de langgerekte eenbeukige kapel een in essentie nog bestaande nonnengalerij (met achtzijdige traptoren). Zowel beneden als ter hoogte van de nonnengalerij bevindt zich aan de westzijde een vroeg-16de-eeuwse overwelfde galerij (gecompleteerd bij restauratie). Kort na de brand van 1536 kreeg de kapel een dakruiter en de huidige kap met tongewelf en laat-gotische gesneden schalkbeelden (apostelfiguren). In 1585 scheidde men het oostelijke deel van de kapel af als Waalse kerk. Hier bevinden zich een grafzerk van Emanuel van Portugal († 1666), een preekstoel in Lodewijk XVI-stijl (eind 18de eeuw) en een door C.G.F. Witte gebouwd orgel (1869).
Het aan de noordzijde aansluitende klooster is in opzet overwegend 15de-eeuws (hersteld na 1536) en bestaat aan de Oude Delft-zijde uit vleugels rondom een groot kloosterhof en aan de westzijde uit een tweede kloosterhof omringd door vleugels met daarin de kapittelzaal (west) en de refter (noord). Boven deze refter bevindt zich de ‘Historische Zaal’, te bereiken via een stenen bordestrap. Willem van Oranje, die na de opheffing van het klooster vanaf 1580 in dit gedeelte resideerde, werd op 10 juli 1584 op die trap door Balthasar Gerards vermoord (kogelgaten en gedenksteen). De door Willem van Oranje als eetzaal gebruikte zaal heeft een balkenzoldering op laatgotische kraagstenen en consoles, twee midden-17de-eeuwse schouwen en een beschadigde beschildering op de zoldering (1668, Leonard Bramer).
Vooruitlopend op het overlijden van de laatste kloosterzuster (1640) werd in de vleugel aan de Schoolstraat de ‘Camer van Charitaten’ gevestigd, toegangelijk door poortjes, waarvan één met Charitasreliëf door Nicholas Stone (1614). De hier ingerichte regentenkamer kreeg in 1682 haar huidige vorm. De eerste kloosterhof werd in 1645 ingericht als lakenhal. Een poortje aan de Oude Delft toont een reliëfvoorstelling van het merken van de lakens met het opschrift ‘Saai, Greine en Stoffe-hal’ (1658, Peter Rijckx). In 1775 werd aan de Oude Delft-zijde de Latijnse School gevestigd (tot 1849) en in 1799 heeft men de rest ingericht als kazerne. Drie eeuwen na het overlijden van Willem I werden de ‘Historische Zaal’ en de naastgelegen trap gerestaureerd.
Het bovengelegen gedeelte werd in 1906 als gemeentemuseum ingericht (uitgebreid 1911). Na een lange periode van verwaarlozing is in 1940-'62 een ingrijpende restauratie uitgevoerd onder leiding van N. Lansdorp. De oostelijke kloosterhof is in 1996 overdekt met een glazen overkapping.
Een overkluisde poort (16de eeuw) geeft toegang tot het St.-Agathaplein, waar aan de noordzijde in 1993-'94 een middeleeuwse kloostertuin is gecreëerd. Aan de zijde van de Phoenixstraat staat een hek (1754) afkomstig van het Armamentarium.
De in de kern mogelijk 16de-eeuwse langgerekte vleugel aan de zuidzijde (St.-Agathaplein 3-7) diende lange tijd als militair hospitaal en herbergt nu Volkenkundig Museum ‘Nusantara’.
