De kleine vliegenvanger is een zeldzame soort die zeldzaam, maar regelmatig op trek wordt waargenomen. Hooguit gaat het om enkele vogels per jaar. De grootste trefkans is op de Waddeneilanden en de Maasvlakte. Soms blijft er in het voorjaar een zingend mannetje een aantal weken aanwezig. Er is nog nooit met zekerheid gebroed in ons land. De dichtstbijzijnde broedplaatsen liggen in Duitsland. De kleine vliegenvanger wordt nog wel eens verward met een roodborst, maar deze laatste heeft geen witte staartzijden en is bovendien iets groter.
Geluid
Zang doet denken aan combinatie die begint met tjiftjaf en overgaat in fitis. Roep o.a. een ratelend, winterkoningachtig "trrrrett".
Leefgebied
In broedgebied oude, open, hoogopgaande bossen met veel loofbomen. Buiten de broedtijd in allerlei bossen en bosjes.
