Hypothese geformuleerd door de Deense zoöloog Claus Nielsen inhoudende dat de voorouder van alle bilateraal-symmetrische dieren bestaat uit een planktonisch organisme gelijkend op een gastraea met een apicaal orgaan en een krans van ciliën rond de blastoporus
De trochaea-theorie is een morfologisch-geïnspireerd raamwerk voor de samenhang van bouwplannen binnen het dierenrijk, opgesteld door de Deense zoöloog Claus Nielsen (Universiteit van Kopenhagen) in 1984.
De voorouder van de Metazoa ontstond uit een kolonie van Choanoflagellata door de vorming van een holte in de aanvankelijk massieve celmassa. De cellen aan de buitenkant vormden verbindingen waardoor een echt meercellig “dier” ontstond, de blastaea. Door het ontstaan van polariteit kreeg dit dier een voorkant en een achterkant en ging het in één richting zwemmen. Aan de voorkant specialiseerden de cellen zich in een sensorisch apicaal orgaan met een pluim van ciliën op de top. De cellen aan de andere kant specialiseerden zich in voedselverwerving en vertering, vloeiden deels naar binnen en vormden een darm met een blastoporus, omgeven door een ciliënkrans. Dit oerdier noemde Nielsen een trochaea.
Vanuit de trochaea zijn twee evolutionaire hoofdlijnen te onderscheiden, enerzijds naar een trochophora, het prototype van de Protostomia en anderzijds naar een tornaria, het prototype van de Deuterostomia. Ze verschillen in de manier waarop de mond gevormd wordt en de plaatsing van trilhaarbanden. Deze twee prototypen komen nog steeds voor als larve bij een groot aantal vertegenwoordigers van de twee hoofdlijnen.
De trochaea-theorie van Nielsen is te zien als een moderne uitbreiding van de gastraea-theorie van Haeckel. Het aantrekkelijke is dat in één concept alle bouwplannen van het dierenrijk verenigd worden. Maar het verhaal is erg speculatief en heeft weinig binding met de ontwikkelingsgenetica.
Een alternatieve theorie over de oorsprong van het dierenrijk is de planula-hypothese.
