Fylum van eencellige, deels kolonievormende protisten met gekraagde cellen; directe zustergroep van de dieren
De naamgevende structuur van choanoflagellaten is de kraag rondom de flagel, die bestaat uit een kring van met elkaar vergroeide ciliën. De flagel is lang, steekt uit de kraag en zorgt voor een waterstroom. De cellen zijn heterotroof en voeden zich door fagocytose van microplankton en bacteriën. Choanoflagellata komen zowel in het mariene milieu als in zoetwater voor. Ze zijn over het algemeen eencellig, maar sommige soorten kunnen eenvoudige kolonies vormen.
Een ander kenmerk (bij twee van de drie hoofdgroepen) is de theca, een omhulsel van organisch materiaal dat de cel grotendeels omsluit als een kom of een flesje. De theca kan ook gesteeld zijn. De derde hoofdgroep heeft een lorica, een celwand van silicaat met een fijne netvormige structuur van ribben.
De belangstelling van evolutiebiologen voor deze protistengroep is gelegen in het feit dat ze van alle eukaryoten het meest verwant zijn aan dieren. Fylogenetische analyse laat onomstotelijk zien dat Choanoflagellata een zustergroep is van alle Metazoa. Morfologisch blijkt de continuïteit uit de choanocyt, die kenmerkend is voor zowel Choanoflagellata als sponzen. Maar recent onderzoek suggereert dat choanocyten twee keer geëvolueerd zijn uit een pluripotente cel (archaeocyt) gemeenschappelijk aan de twee groepen.
De genen die nodig zijn voor meercelligheid (coderend voor eiwitten met een celhechtingsdomein) heeft men altijd beschouwd als uniek voor Metazoa, maar uit het genoom van de modelsoort Monosiga brevicollis blijkt dat choanoflagellaten het grootste deel van deze genen al hebben. Zoals vaker in de evolutie loopt het genenpakket nodig voor een majeure transitie vooruit op de transitie zelf.
