Er is in Maastricht geen kloostercomplex dat de eeuwen en nog meer belegeringen - zo compleet en, ogenschijnlijk, zo ongeschonden heeft weten te trotseren als dat van de Kruisheren. Vooral vanuit de lucht bekeken openbaart zich welk een zeldzaam gaaf sieraad daar aan de Kommel - als een kleine abdij - voor Maastricht bewaard is gebleven.
En hoe intiem kerk en kloostervleugels de pandtuin omsluiten. En dat alles is, als het ware, bij toeval tot stand gekomen. Vanaf 1410 moesten de priors van de Kruisheren elk jaar in Hoei voor het algemeen kapittel bij elkaar komen. Op weg erheen logeerden de priors uit het land van Maas en Rijn meestal bij Maastrichtse geestelijken thuis. Alleen als er heiligdomsvaart was in de stad, was er meestal geen plaats voor hen. Daarom stelde in 1436 de Maastrichtse patriciër Gielis van Elderen aan de Kommel een vijftal huisjes ter beschikking zodat de Kruisheren toch in de stad konden overnachten. Op de voorwaarde, evenwel, dat ze er een klooster met kerk zouden bouwen.Na de nodige toestemmingen te hebben verkregen - van het generaal-kapittel te Hoei, de bisschop van Luik, het kapittel van Sint Servaas en de pastoor van Sint Jan - arriveerden uit Venlo enkele Kruisheren om de huisjes tot voorlopig kloostertje in te richten. En er kwam een houten noodkerkje met een dak van stro op dezelfde plaats waar de nu nog bestaande kerk staat, en dat in 1438 werd ingewijd.
Petrus Toom en Johannes van Haeren waren de bouwmeesters van het koor waarvoor, tijdens de heiligdomsvaart van 1440, de eerste steen werd gelegd. De bouw vlotte niet erg. Het koor, dat veel lijkt op dat van de Sint Janskerk, was pas in 1459 klaar. Waarop meteen al een dakruiter met klokken en zelfs een uur- en slagwerk werd gezet. In 1480 al sloeg de bliksem in de toren. Die toen grotendeels, zij het niet meer zo hoog als eerst, moest worden herbouwd.
Intussen was, in 1470, het koor met drie altaren geconsacreerd door de Franciscaner wijbisschop Libertus van Broecken uit Sint Truiden. Van de gewelfschilderingen uit 1461 van de hand van Meester Gerardus zijn in het koor nog restanten te zien. Waar, in het jaar erop, eikehouten koorbanken werden geplaatst die, helaas, in de 17de eeuw door nieuwe zijn vervangen. En evenals in de basiliek van Meerssen heeft, vanaf 1561, op het koor een sacramentshuis gestaan, een geschenk van deken Nicolaas van der Straeten, waarvan nog fragmenten in het Bonnefantenmuseum worden bewaard. In 1501 was, inmiddels, de bouw van het schip met een zijbeuk aan de noordzijde begonnen. In 1509 was de kerk van mergelsteen op een plint van Naamse steen en met pilasters met de bekende Maaskapitelen - eindelijk gereed.
Het had, gewoon wegens gebrek aan geld, zo lang geduurd. Tekenend voor de geest van die tijd en voor de godsdienstzin der burgers was de spontane en gratis hulp die de ambachtslieden boden bij het afbouwen van de kerk. Altaren, tapijten, koperwerk en een vijftal kelken waren, bijvoorbeeld, eveneens aan de Maastrichtse burgerij te danken. De in de kerk gevestigde broederschappen van het H. Kruis en Sint Michaël droegen aan de verdere versiering van het interieur bij.
Aan de zuidkant van de kerk bevond zich boven de Mariakapel een nachtkoor. Dat met de eerste verdieping van het klooster in verbinding stond en waar voor de nachtelijke officies een klein orgel werd geplaatst. In 1621 kwam er een door de Namense Kruisheer Herman Pietkin gebouwd orgel voor in de plaats. De kerk telt, aan deze zuidkant, ook vijf kapellen. Waarvan de middelste nog overblijfselen vertoont van 16de eeuwse muurschilderingen over het leven van Sint Gertrudis van Nijvel en van de zogenaamde Sint Geertenminnedronk.
De Kruisheren hebben zich, behalve met het bedienen van hun eigen kerk, bezig gehouden met de studie en met het kopiëren, verluchten en inbinden van boeken. Hun handschriften waren overal erg gevraagd. Nadat, in 1552, Jakobus Bathen in Maastricht de eerste drukkerij had gevestigd, keken de Kruisheren noodgedwongen om naar andere werkzaamheden. Ze bedienden kerken en kapellen die zelf geen priesters hadden - zoals die van de Cellebroeders, de Grauwzusters, de Sepulchrijnen en Sint Andries - of fungeerden als ’custodes’, als bewakers dus, van bijvoorbeeld de Sint Maartenskerk te Wyck. De Kruisheren verwierven, evenwel, vooral een grote reputatie in de stad door hun manmoedig verplegen van de pestlijders tijdens de epidemie van 1529. Zodat, in de 16de eeuw, het merendeel der kloosterlingen aan de Kommel danoch uit Maastrichtenaren bestond.
Dat de talloze oorlogen ook de Kruisherenkerk met klooster niet onberoerd hebben gelaten, is vanzelfsprekend. Bij het beleg van Parma, in 1579, had het complex zo te lijden dat het onbewoonbaar werd. Vantevoren, evenwel, hadden de Kruisheren hun bibliotheek voor het belangrijkste deel naar Aken in veiligheid gebracht. Ze moesten, om het herstel in 1581 te bekostigen, verschillende kostbare bezittingen verkopen. Waarna, in 1582, hun boekenschat weer naar Maastricht werd teruggebracht. Het duurde tot ongeveer 1600 vooraleer de Kruisheren zich weer enigszins van de geleden tegenslag hadden hersteld.
En tot 1615 voordat de communiteit een acceptabel aantal en wel negen leden telde. De pestepidemie van 1580 had één Kruisheer in de persoon van Jan van Randenrade in het leven gelaten. Het kerkdak moest het ontgelden bij het beleg in 1632. In 1673, toen de Fransen de stad belegerden, kregen kerk en klooster het nog zwaarder te verduren. De in beide jaren opgelopen schade werd in 1675, mede met een gift van 2100 gulden van koning Lodewijk XIV, weer hersteld. De Kruisheren hebben, daarenboven, ook nog voortdurend paarden, ruiters en krijgsmateriaal over de vloer gehad.
Zodat ze, al met al, tot de Franse revolutie een nogal armzalig bestaan hebben geleid. Meer dan tien priesters en een stuk of vier broeders haalde hun communiteit niet meer. Na de opheffing van de orde, in 1796, werden de gebouwen verkocht. Het klooster werd munitie-opslagplaats en kazerne, de kerk kledingmagazijn en garnizoensbakkerij. En ze bleven bestemd voor militaire doeleinden. Het is dan aan jhr. mr.
Victor de Stuers te danken dat het laat-gotische Kruisherencomplex er op het ogenblik zo luisterrijk bijstaat. Dankzij zijn ijverige bemoeiingen werd, in 1897, het Rijkslandbouwproefstation in het klooster ondergebracht, waarvan de opening plaats vond op 17 januari 1898. Er volgde een ingrijpende restauratie van klooster en kerk die, onder de leiding van Rijksbouwmeester dr. D. Knuttel, tenslotte in de jaren 1912-1914 werd voltooid.
Na de Tweede Wereldoorlog is in de kerk nog een houten loods neergezet. Dit, eveneens, ten behoeve van het landbouwproefstation dat Maastricht echter einde 1979, na meer dan driekwart eeuw, voorgoed is gaan verlaten. Voor de gebouwen aan de Kommel is, gelukkig, een nieuwe en adequate bestemming gevonden. Het Rijksarchief - dat ook al sinds mensenheugenis is gehuisvest in de kerk en het klooster van de Minderbroeders aan de Sint Pieterstraat vestigt een dependance in het Kruisherencomplex.
