Vele zeeëenden stierven door vervuiling van het zeewater vanwege olielozingen; het lozen van olie op zee door schepen is tegenwoordig aan internationale regels gebonden. Op de buitendijkse gronden langs de Waddenzeedijk pleisteren zeer veel bergeenden (Tadorna tadorna (L.)), soms meer dan 15.000; tot de zeldzame broedvogels wordt tegenwoordig ook de witoogeend (Aythia nyroca (Güldenstädt)) gerekend.
In het Waddengebied behoren thans de krakeenden (Anas strepera L.) en de pijlstaart (Anas acuta L.) definitief tot de broedvogels van de eilanden; de eidereendstand (Somateria mollissima (L.)) beleefde na een kleine terugval in de jaren ’50 een duidelijke toename, vooral op Vlieland: in 1967 veel minder dan 1000 broedparen, in 1970 plm. 1400.
Ook daalde de eendenstand in het Lage Midden, vooral na het inwerkingtreden van het J. L. Hooglandgemaal te Staveren; hierdoor vielen vele boezemlanden, voedsel- en rustgebieden droog en werden ze ongeschikt voor de eenden. Mogelijk weken deze vogels uit naar de nieuwe IJsselmeerpolders. Veranderingen in het IJsselmeermilieu, waarschijnlijk mede onder invloed van watervervuiling door Rijnwater, deed het aantal watervogels aan de ondiepe IJsselmeerkust tussen Lemmer en Afsluitdijk in de jaren ’70 afnemen.
Sinds de afsluiting van het voormalig Lauwerszeegebied na 1969 ontwikkelt zich in het centrum een waardevol watervogelgebied. In de herfst van 1972, ’73 en ’74 werden reeds meer dan 100.000 zwemeenden, waaronder zeer grote aantallen smienten, pijlstaarten en wintertalingen vastgesteld. Het aantal brilduikers (Bucephala clangula (L.)) is in de herfst in dit gebied zeer groot. Op de buitendijkse gronden tussen Zwarte Haan en Ternaard pleisteren met name in de maanden oktober en november meer dan 50.000 smienten. Uit onderzoek van de Wadvogelwerkgroep Friesland kwam vast te staan dat meer dan 10 proc. van de gehele N.W. Europese populatie langs de kust verblijft.
