De term werd geïntroduceerd in het Natuurbeleidsplan 1990 van het ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij voor een samenhangend stelsel van bestaande en te realiseren natuurgebieden in Nederland. Toenemende intensivering in de landbouw, stadsuitbreidingen en aanleg van infrastructuur hebben geleid tot versnippering van natuurgebieden, het uitsterven van zeldzame planten- en diersoorten en een algehele achteruitgang van de natuur in Nederland.
Als oplossing werd gekozen voor het realiseren van een samenhangend stelsel van natuurgebieden van voldoende grootte, waar natuurwaarden zich kunnen handhaven en ontwikkelen. In de ecologische hoofdstructuur wordt onderscheid gemaakt tussen kerngebieden, natuurontwikkelingsgebieden en verbindingszones. Kerngebieden hebben hoge natuurwaarden, natuurontwikkelingsgebieden hebben grote potenties voor natuurontwikkeling. In sommige gebieden zijn ecologische verbindingszones nodig om de uitwisseling van planten en dieren tussen niet-aaneengesloten natuurgebieden mogelijk te maken. Natuurgebieden in de ecologische hoofdstructuur worden onderscheiden in reservaatgebieden en beheersgebieden, die qua oppervlakte ongeveer de verhouding 50:50 hebben.Het deel van de ecologische hoofdstructuur in de provincie Groningen heeft vooral betrekking op natte natuur: in de beekdalen van het Westerkwartier, rondom de oude meanders van het Reitdiep, in het lage deel van Midden-Groningen, langs de beekdalen van Westerwolde. Droge natuur wordt gevonden in het Westerkwartier en in Westerwolde. In totaal gaat het in het ‘oude land’ om zo’n 18.000 ha, in de Lauwersmeer om 4.700 ha, en buitendijks in de Dollard om 4.200 ha, Rottumeroog en -plaat om 1.000 ha en kwelders om 125 ha.
Zie ook natuurdoeltype, witte gebieden.
[Meijering].