Geboren 1491 te Schlettstadt. Op 15-jarigen leeftijd werd hij door zijn grootvader, die hem zeer genegen was, in een Dominicaner klooster gebracht.
Hij vertoefde in het klooster te Heidelberg en begon daar humanistische studiën. Spoedig werd hij magister en legde de Heilige Schrift uit.
Hij gevoelde zich aangetrokken tot Luther, toen deze in 1518 disputeerde in Heidelberg. In 1521 werd hij door den paus van zijn geloften ontheven en vond een toevluchtsoord bij Frans von Sickingen op den Ebernbrug.
Daarna trad hij als hofkapelaan bij den palzgraaf Friedrich in Bruchsal in dienst. Daar al zijne vermaningen tot dezen graaf, die lichtzinnig leefde, niet baatten, nam hij van dezen afscheid.
In 1522 trad hij in het huwelijk met Elisabeth Silbereisen, een jongedochter, die uit het klooster bevrijd was. Hij maakte zich nu los van de Humanisten en sloot zich bij de Wittenberger Reformatie aan.
Hij werd predikant in Landstuhl in dienst van Von Sickingen, maar deze maakte zich van Bucer los. Daarna liet hij zich door den predikant Motherer bewegen, om naar Weiszenburg te gaan.
Daar werd hij de grondlegger der Evangelische gemeente.
Zijn eenvoudige maar ernstige prediking werd daar rijk gezegend.
Hij werd nu door den bisschop van Speyer geëxcommuniceerd en, door de Franciscanen vervolgd, zag hij zich genoodzaakt om zich terug te trekken in Straatsburg. Hij verkreeg daar van den raad vrijheid om lezingen te houden en te prediken.
Met Matthias Zell en Capito arbeidde hij aan de Reformatie der kerk in Straatsburg. Met zijn beide vrienden trachtte hij te arbeiden aan de opleiding van predikanten.
Hij hield voorlezingen over de Evangeliën, de Psalmen en de brieven van Paulus. In 1524 werd de universiteit te Straatsburg gesticht.
Het Thomasstift werd omgezet in een school voor opleiding tot predikers. Johannes Sturm uit Parijs werd naar Straatsburg geroepen en werd later (1537) rector van de universiteit.
Tegen Thomas Murner, die het misoffer verdedigde en die de Protestantsche predikanten belasterde, schreef Bucer een boek: Von des Herrn Abendmahl, waarin hij toonde op bezadigde wijze het gevoelen van Zwingli over het avondmaal te deelen; maar hij wachtte zich er voor om verschil met Luther te constateeren. In 1524 verscheen van zijne hand eene rechtvaardiging der Straatsburgsche Reformatie: Grund und Ursach der Neuerungen von dem Nachtmahl des Herrn, dem Tauf, den Feiertagen, Bildern und dem Gemeindegesang.
De hoofdwaarheden voor de kerk waren: de eere Gods en de liefde tot den naaste. De Heilige Schrift was volgens Bucer de eenige en volmaakte bron der kennis van de leer der zaligheid.
Zijn tractaat Dasz die Messe die schwerst Gottesschmach und Abgötterei und von keiner Obrigkeit zu dulden sei was de oorzaak, dat de mis in Straatsburg afgeschaft werd (1529).Reeds in 1525 was Bucer met Zell en Capito opgetreden tegenover het revolutionaire drijven van de boeren. Hij verdedigde ook den kinderdoop tegenover de Anabaptisten, en hun pogingen, om de maatschappelijke orde omver te werpen, ging hij met grooten ijver tegen. In 1534 zag van zijne hand een waarschuwend geschrift het licht, waarin hij tegen de Anabaptisten in Münster te velde trok en de leer des heils benevens de rechte kerkregeering uiteenzette. Zijn reformatorische werkzaamheid strekte zich ook buiten Straatsburg uit. Hij nam een werkzaam aandeel in het werk der Reformatie in Bern, Ulm, Memmingen, Biberach en Augsburg.
Toen Karlstadt zijn meening te kennen gaf over het avondmaal schreef Bucer aan Luther „het lichaam en bloed van Christus baten ons niet, maar wel het gedenken aan Christus en diens werk”. In den sacramentsstrijd stond hij eerst geheel en al aan de zijde der Zwinglianen, maar hij deed al spoedig moeite, om bemiddelend op te treden. Met grooten ijver is hij werkzaam geweest, om tot een vereeniging van Lutherschen en Zwinglianen te geraken. Bij het beroemde gesprek te Marburg verdedigde hij tegen Luther de rechtzinnigheid der Straatsburgers in de leerstukken der Drieëenheid, erfzonde en rechtvaardigmaking en hij onderteekende met de bovenlandsche steden de door Luther opgestelde geloofsartikelen, uitgezonderd artikel 15, dat over het avondmaal handelde.
Op den rijksdag te Augsburg (1530) diende hij met Capito de „Confessio Tetrapolitana” in. Toch bleef hij nog altoos toenadering met de Lutherschen zoeken. Eindelijk bezweek hij voor de bewijsvoering van Luther te Koburg. Daarna maakte hij een rondreis, die eigenlijk tot doel had, de bovenlandsche steden te winnen voor het Luthersche gevoelen aangaande het avondmaal. Hij onderhandelde daarop met Melanchton en bracht de Wittenberger Concordia tot stand, waarbij ook Luther zich aansloot en dus aan de bovenlandsche steden de broederhand reikte, ofschoon hij het met dezen niet eens was over de genieting der ongeloovigen bij het avondmaal. De met groote moeite verkregen Wittenberger Concordia werd in Zürich zeer slecht ontvangen, en de invloed werd door Luthers Kleines Bekenntnis vom Abendmahl geheel verstoord.
Met de bezadigde Roomsch Catholieken, die zich wilden stellen op den bodem der oud-Christelijke kerk knoopte Bucer ook onderhandelingen aan. Als zoodanig nam hij deel aan de religie-gesprekken te Regensburg in 1541 en 1544, die echter tot geen resultaat leidden. In 1541 verloor hij zijn gade en drie kinderen aan de pest. Voor de tweede maal trad hij in het huwelijk met de weduwe van Oecolampadius, die ook met Capito gehuwd geweest was. Haar naam was Wibrandis Rosenblatt.
In 1542 werd hij door den aartsbisschop Hermann von Wied naar Keulen geroepen en arbeidde daar met Melanchton aan de Reformatie der kerk, welke echter een zeer conservatief karakter droeg.
Na de nederlaag der Evangelischen in den Schmalkaldischen oorlog, stelde Bucer zich in Straatsburg aan het hoofd der anti-keizerlijke oppositie. Hij werd, omdat de keizer zijn afzetting begeerde, en omdat zijn strenge kerkelijke tucht aan velen mishaagde, met behoud van pensioen op non-activiteit gezet. Toen Cranmer hem naar Engeland riep, voldeed hij aan diens verzoek, en nam daar een werkzaam aandeel aan de Reformatie der kerk. Hij vertaalde het Nieuwe Testament in het Latijn, hield voorlezingen aan de Universiteit van Cambridge en bestreed de tuchteloosheid in de Engelsche kerk. Voor Eduard VI schreef hij zijn laatste boek over het Koninkrijk van Christus. Hij verdedigde in dat boek een Christelijke politiek, drong sterk aan op verbetering des levens onder het volk, pleitte voor het oprichten van volksscholen en in het algemeen op vermeerdering van beschaving onder de lagere volksklassen. Hij stierf in 1551.
Onder de bloedige Maria werden de lijken van Bucer en zijn medearbeider Fagius opgegraven. Zij werden als ketters veroordeeld en hun gebeente werd op den brandstapel tot asch verteerd. De gedachtenis van deze beide mannen werd onder koningin Elisabeth weder in eere hersteld.
