De eerste afweerlinie heeft als taak ervoor te zorgen dat micro-organismen (schadelijk of onschadelijk) niet in het lichaam komen. Micro-organismen komen meestal eerst op de huid terecht: een blokkade waar ze niet doorheen kunnen. Als de huid is beschadigd, kunnen wondjes en schrammetjes wel toegang verlenen tot de rest van het lichaam. Virussen zijn kleiner dan micro-organismen en kunnen daardoor in sommige gevallen de huid wel penetreren.
Daarnaast kunnen micro-organismen terecht komen op slijmvliezen die aanwezig zijn in lichaamsholtes (bijvoorbeeld in je neus of mond). Als deze slijmvliezen intact zijn kunnen de micro-organismen er niet doorheen. Virussen kunnen de slijmvliezen soms makkelijker passeren door hun geringe afmetingen. Ook proberen virussen lichaamscellen binnen te dringen om op die manier de eerste afweerlinie te omzeilen.
