Stad, ontstaan aan een kreek die uitmondde in de Gouwe; het water dat Schouwen en Duiveland vroeger scheidde. De nederzetting werd in 800 ‘Creka’ genoemd.
In 976 is er sprake van een kerk, waarbij Boudewijn V van Vlaanderen een grafelijk kasteel bouwde dat in 1048 in handen van de Hollandse graaf kwam. Dit later geheel verdwenen kasteel Ravesloot, gelegen tussen de tegenwoordige Balie en de Stadswal, ontwikkelde zich tot grafelijk bestuurscentrum.
Begin 13de eeuw ontstond een vrijwel ronde nederzetting met de kerk in het middelpunt. Op grond van oudere privileges en keuren verleende graaf Willem II van Holland in 1248 stadsrechten aan Zierikzee.
In 1290 volgde de vestiging van het Grafelijk Gerecht voor Zeeland Beoosten Schelde. Na de bij de zeeslag in de Gouwe behaalde overwinning van de Frans-Hollandse vloot op de Vlamingen in 1304 kwam de stad tot grote bloei en volgde een bebouwing oostwaarts langs de kreek, die werd omgevormd tot haven (Oude Haven).
Het beloop van dit gebied is nu nog aan de stadsgrachten te volgen. Van dit nieuwe deel werd eerst alleen het gedeelte rond de haven bebouwd.
Het in eerste instantie nabij de St.-Lievensmonstertoren gelegen stadhuis werd midden 14de eeuw naar de Meelstraat verplaatst. Naast de moernering, zorgden de lakennijverheid, de visserij en de handel met Engeland en de Oostzeelanden voor welvaart.
Vanaf het midden van de 15de eeuw zette echter een stagnatie in, die werd versterkt door stadsbranden, pestepidemieën en de verzanding van de Gouwe.
In 1492 nam Albrecht van Saksen Zierikzee in, maar in 1507 kreeg Zierikzee de oude rechten terug.
In 1572 voegde de stad zich bij de Opstand onder leiding van de prins van Oranje. Na een langdurig beleg werd Zierikzee in 1576 ingenomen door de Spanjaarden onder Don Christobal de Mondragon, maar nog datzelfde jaar bracht graaf Filips van Hohenlohe de stad weer onder Staatse vlag.
In 1597-'99 groef men in zuidwestelijke richting een kaarsrecht havenkanaal naar het open water van de Oosterschelde. Het gedeelte langs de zuidoostzijde van de stad werd ingericht als Nieuwe Haven.
Bij de haveningang verrezen bolwerken waarvan het westelijke deel resteert - en bij de Zuidhavenpoort kwam een ophaalbrug.Zoutnering en meekrapcultuur zorgden in de 17de en 18de eeuw voor een tijdelijke economische opbloei. Het centrum verschoof naar het oosten en er ontstond kleinschalige bebouwing aan de zuidzijde bij de Nieuwe Haven. Door de afbraak van het dominikanenklooster kwam er in de 17de eeuw grond vrij voor huizen in de St.-Domusstraat, de Nieuwe Boogerdstraat en omliggende straten. In de 18de eeuw kwamen grote huizen tot stand langs de Oude Haven. Na de Vijfde Engelse Oorlog (1780-'84) zette het verval echt door en nam het inwoneraantal sterk af. De armoede in de 19de eeuw zorgde ervoor dat er relatief weinig verloren ging zo bleven drie stadspoorten bewaard -, en er werd weinig gebouwd.
Wel werd op een stukje van de wallen aan de oostzijde van de stad in 1829 een ‘slingerbos’ aangelegd. Men dempte delen van de Oude Haven (Havenplein 1871-'72; Havenpark 1891). Aan de oostzijde van de stad, langs het water, bestond vanaf de late middeleeuwen al enige bebouwing tussen de stad en de in 1829 aangelegde begraafplaats.
Van oudsher is Zierikzee hoofdplaats van Schouwen-Duiveland. Een economische impuls kreeg de stad door de in 1900 geopende tramlijn van Brouwershaven via Zierikzee naar het veer bij Zijpe en verder door de vestiging van de mosselen oestervisserij (vanaf 1912). De stad maakte vroeg kennis met de moderne oorlogsvoering toen in 1917 Engelse vliegtuigen per abuis vijf bommen op de stad lieten vallen. Er was schade in onder andere de Molenstraat. Van de uiteindelijke schadevergoeding werd mede het nieuwe stadhuiscarillon bekostigd. Zierikzee bleef in de 20ste eeuw een regionaal agrarisch centrum met diverse (kleine) slachthuizen en graanhandel.
Pas na 1953 kwamen de eerste uitbreidingen van de oude stadskern tot stand. Het eerste uitbreidingswijkje verrees binnen de grachten in de noordwesthoek (1954; ontwerp A. Komter), daarna volgden uitbreidingen aan de oostzijde en vanaf 1969-'70 aan de westzijde. Zierikzee is een beschermd stadsgezicht.
