Hoewel de bepleistering en de detaillering veelal voor een 18de- of 19de-eeuws aanzien zorgen, zijn veel huizen in de binnenstad gedeeltelijk nog 16de-eeuws en soms zelfs 15de-eeuws. De wijze waarop achter een jonger uiterlijk een veel ouder huis of complex schuil kan gaan, is bijzonder opvallend bij het Nederhof (Markt 14/14a).
Het betreft een tweebeukig herenhuis met 18de-eeuws gepleisterd exterieur, voorzien van ingangspartij met hardstenen omlijsting. De naam van het huis gaat terug op de, zeker 11de-eeuwse, curtis of vroonhof die vanaf de tweede helft van de 13de eeuw door de heren van Abcoude werd gebruikt voor het beheer van hun goederen in de omgeving. De stad Wijk heeft zich rondom deze hof ontwikkeld. Vanaf het midden van de 15de eeuw werd de hof de residentie van de kanselier van de Utrechtse bisschop. In die tijd verrezen verschillende nieuwe gebouwen. Omstreeks het midden van de 16de eeuw werd het complex aan particulieren verkocht en gesplitst.
Bij Markt 14/14a behoorden een thans verdwenen toren, enkele gebouwen op het achtererf en een poort aan de Volderstraat (tussen nrs. 7 en 9). In een van de gebouwen op het achtererf zijn de resten van een bijzondere 15de-eeuwse open galerij bewaard gebleven: vier zuiltjes van trachiet met kapitelen, bakstenen segmentbogen en borstwering. Op de muur ligt een balklaag met moerbalken en in visgraatmotief geplaatste kinderbalken. Een naastgelegen pand met twee haakse vleugels dateert uit het tweede kwart van de 16de eeuw. Markt 15/16 en enkele bijgebouwen vormden het afgescheiden oostelijke deel van de Nederhof. Vanaf 1738 tot voor kort was in dit pand de wijnhandel Tellegen, later Tellegen & Pels, gevestigd.
De huizen in Wijk bij Duurstede met een laat-middeleeuwse of 16de-eeuwse kern hebben over het algemeen twee bouwlagen en een steil oplopend zadeldak waarvan de nok evenwijdig loopt met de rooilijn. De bakstenen scheidingsmuren tussen de huizen zijn vaak als brandmuren voortgezet tot boven de dakschilden. Ze eindigen daar in de vorm van een trapgevel, waarvan de trappen meestal met ezelsruggen zijn afgedekt. Juist deze brandmuren, gemetseld in een groot steenformaat, wijzen vaak op een oudere bouwdatum dan de voorgevel doet vermoeden. Dergelijke huizen komen onder meer voor aan de Markt, Oeverstraat, Dijkstraat, Peperstraat en Maleborduurstraat. Markt 11 is een tweelaags dwars huis met 19de-eeuws exterieur waarachter een huis uit circa 1470 schuilgaat.
Het pand bevat een eiken kapconstructie met drie gestapelde jukken en een vierkante kelder met kruisgewelven en middenpijler. Aan de Maleborduurstraat bevindt zich een jongere aanbouw met schuifvensters. Dijkstraat 6 is een tweelaags dwars huis met zadeldak tussen trapgevels, gebouwd tussen 1575-'85. Uit de bouwtijd bevat het huis nog de half verzonken kelder met tongewelf, een eiken spiltrap, balklagen ondersteund door consoles met renaissanceprofilering en een eiken kapconstructie met drie gestapelde jukken. De voorgevel is in de 19de eeuw gewijzigd. De stad heeft in de overige straten nog veel eenlaags bebouwing, bijvoorbeeld aan de Achterstraat, waaronder een vrij groot aantal stadsboerderijen.
In de 17de en 18de eeuw bood de economische situatie van de stad slechts mogelijkheden voor de verbouw van bestaande panden en de bouw van eenvoudige woningen. Een uitzondering is het tweebeukige huis Amstelwijk (Muntstraat 40a-42), dat staat op de plaats waar onder David van Bourgondië de bisschoppelijke munt was gevestigd. Het huidige huis stamt uit omstreeks 1645; de wit gepleisterde voorgevel is 19de-eeuws. Uit het eerste kwart van de 19de eeuw dateert het monumentale pand Oeverstraat 32, mogelijk gebouwd door de wijnkopersfamilie Tellegen. De strakke, classicistische lijstgevel wordt bekroond door een fronton met omkranst oeil-de-boeuf. In de eerste helft van de 19de eeuw zijn diverse eenvoudige woningen aan de Muntstraat afgebroken ten behoeve van de aanleg van herenhuizen met grote tuinen, zoals Muntstraat 21-25.
Deze drie statige huizen in empire-stijl zijn in 1844 gebouwd in opdracht van burgemeester Van Mariënhoff. De stadsvilla Muntstraat 36-38 werd in 1868 voor notaris H.J. van Heijst gebouwd naar ontwerp van S.A. van Lunteren. Opvallend is het over de verdieping doorgezette diepe portaal met balkon in de middenrisaliet. Van de oorspronkelijke tuinaanleg bij het huis is nog slechts een klein deel over. Ook aan de Singel werden enkele villa's opgetrokken. Jacobus van Mariënhoff liet in 1869 de villa Mariënhove (Singel 2) bouwen in eclectische vormen, mogelijk eveneens naar ontwerp van S.A. van Lunteren. Opmerkelijk is het serliana-venster in de linkerzijgevel.
Uit het derde kwart van de 19de eeuw dateert Nieuw Bouwlust (Singel 13), een eenlaags villa met mansardedak en erker. Korenmolen Rijn en Lek in Wijk bij Duurstede (Dijkstraat 23). Deze ronde bakstenen stellingmolen werd in 1659 gebouwd als runmolen voor het malen van eikenschors en is later in gebruik genomen als korenmolen. Bij de bouw is één van de stadspoorten, de Leuterpoort, als vierkante onderbouw benut. Twee spitsbogen vormen de poortdoorgang, waar zich onder de houten zoldering nog de aanzetten van de verdwenen stenen gewelven bevinden. Na de restauratie in 1934 werd een gedenksteen aangebracht, waarop deze molen abusievelijk met de frequent door Jacob van Ruisdael geschilderde molen wordt geassocieerd. Van die uit 1644 daterende ronde korenmolen resteert echter slechts het voetstuk op een muurtoren Langs de Wal.
