Stad gelegen bij het punt waar de Nederrijn overgaat in de Lek en bij het begin van de Kromme Rijn. In het gebied zijn bewoningssporen aangetroffen uit de Vroege IJzertijd.
In de Romeinse tijd moet bij het toenmalige, meer zuidoostelijk gesitueerde, splitsingspunt van Rijn en Lek een castellum van de Romeinse ‘limes’ hebben gelegen. Vermoedelijk in het begin van de 7de eeuw ontstond op die plek de belangrijke handelsplaats Dorestad.Vooral in de Karolingische tijd speelde Dorestad een rol van betekenis in het handelsverkeer van noordwest Europa. De nederzetting strekte zich vanaf de riviersplitsing over grote afstand uit langs de linkeroever van de (Kromme) Rijn. Archeologische opgravingen hebben delen van de nederzetting en de haven aan het licht gebracht. Onder de nieuwbouwwijk De Heul, ten noorden van de tegenwoordige stadskern, bevond zich een dichtbevolkt haven- en handelskwartier. Herhaalde plunderingen door de Noormannen, voor het laatst in 863 en het feit dat de nederzetting steeds verder van de zich naar het oosten verschuivende Rijn kwam te liggen, maakten in de tweede helft van de 9de eeuw een eind van de belangrijke handelspositie van Dorestad. Met name het noordelijke deel van Dorestad werd verlaten.
De overgebleven agrarische nederzetting wordt in een oorkonde uit 948 aangeduid als de ‘villa’ Wijk. De grond in en rond Wijk was verdeeld in domeinen van de Duitse keizer en de Utrechtse kerk.
Door verzanding van de monding van de Rijn bij Katwijk nam de betekenis van de rivier omstreeks het jaar 1000 sterk af. In 1122 werd de (Kromme) Rijn bij Wijk van de Lek afgedamd om ontginning van de komgronden in het Kromme-Rijngebied (Langbroek) mogelijk te maken. De Kromme Rijn liep toen nog dwars door het latere stadsgebied. De dam lag vermoedelijk ter hoogte van het kasteelterrein. In 1256 kocht graaf Otto II van Gelre de voormalige keizerlijke vroonhof te Wijk. Dit betekende een belangrijke stimulans voor de ontwikkeling van de nederzetting.
De graaf gaf de vroonhof (de ‘Nederhof’ aan de Markt) spoedig in leen aan de heren van Abcoude. Deze begonnen omstreeks 1270 met de bouw van een kasteel. In 1300 kreeg de nederzetting Wijk bij (het kasteel) Duurstede stadsrechten. Niet lang daarna, in ieder geval vóór 1366, werd aan de Markt een aan Johannes de Doper gewijde kerk gebouwd. De stad werd mogelijk omstreeks 1400 omvest. Zij besloeg toen nog slechts het gebied begrensd door het kasteel, Achterstraat, Mazijk en Plantsoensteeg.
Door een stadsuitleg tussen 1440 en 1450 kreeg Wijk bij Duurstede haar definitieve omvang binnen de singels. Een reeds bestaande toegangsweg, de Oeverstraat, werd nu binnen het stadsgebied opgenomen. In het midden van de vergrote stad, aan weerszijden van de Mazijk, bleef een open plek met landelijk karakter bestaan. De stadsmuur was voorzien van minstens vijf poorten, waarvan drie aan de Lekzijde. De Kromme Rijn, een magere rest van de Rijn, vormde het oostelijke deel van de stadsgracht. In de tweede helft van de 15de eeuw werd kasteel Duurstede de residentie van de bisschoppen van Utrecht.
Onder David en Philips van Bourgondië beleefde Wijk bij Duurstede haar meest welvarende tijd. De materiële voorziening van de bisschoppelijke hofhouding en de verplaatsing van de bisschoppelijke tol en munt van Rhenen naar Wijk gaven de stad een economische impuls. Gesteund door de bisschop begon men met de vergroting van de kerk. Ook het kasteel werd vergroot en verfraaid.
Na 1528, toen de bisschop zijn wereldlijk gezag verloor, kwam tevens een einde aan de bloei van Wijk bij Duurstede. De stad bleef functioneren als marktplaats voor de directe omgeving maar er was onvoldoende economische stimulans voor verdere uitbreiding. Ondanks de ligging aan de Lek waren er nauwelijks scheepvaartactiviteiten. De stad lag van de rivier afgekeerd en had ook geen echte haven. De stadsplattegrond onderging slechts kleine wijzigingen, zoals de aanleg van de Kerkstraat ter plaatse van het in 1579 door brand verwoeste koor van de St.-Janskerk.
In de tweede helft van de 17de eeuw verloor het kasteel haar militair-strategische betekenis. Na de Franse bezetting van 1672-'73 sloopte men de kasteelmuren gedeeltelijk. De bolwerken rond het kasteel werden in 1769 afgegraven en met bomen beplant. Het huidige kasteelpark dateert uit de tweede helft van de 19de eeuw. Toen werden ook de stadsmuur en de poorten afgebroken. Een deel van de stadsmuur bleef uiteindelijk gehandhaafd als waterkering langs de Lek. Op die muur waren tuinkoepels gebouwd waar men kon genieten van het uitzicht over het rivierlandschap.
Na een economisch dieptepunt in de eerste helft van de 18de eeuw klom de stad langzaam uit het dal. Vanaf het midden van de 19de eeuw breidde de beperkte stedelijke nijverheid zich uit door de vestiging van steenfabrieken en een scheepswerf. Akkerbouw en fruitteelt bleven echter nog lang de voornaamste middelen van bestaan. In de eerste helft van de 20ste eeuw had Wijk bij Duurstede voornamelijk een verzorgende functie voor de omgeving (winkels, scholen, veemarkt).
Vooral na 1967 heeft de stad zich in noordelijke en westelijke richting sterk uitgebreid, voor een belangrijk deel op historische grond. De Korte Singel werd gedempt. In de binnenstad heeft vrij veel stadsvernieuwing plaatsgevonden. De stadskern en het kasteel met omliggend park zijn als beschermd stadsgezicht ingeschreven. Dat geldt ook voor de uiterwaarden en delen van de Lekdijk die voor het gezicht op de stad vanaf de Lek van bijzondere waarde zijn.
