is een laat-gotische, in steen overwelfde hallenkerk met dwarsschip, eenbeukig koor en een forse westelijke toren. De aanzienlijke omvang, vooral van de toren, is te verklaren uit de bedevaarten naar de hier bewaarde relieken van St.-Cunera.
Over de bouw van de kerk is uit de bronnen alleen bekend dat in 1451, ten behoeve van de financiering van het werk, een aflaat werd verstrekt. Het werk aan de toren begon volgens de opschriften in het portaal in 1492 en werd voltooid in 1531.De Cunerakerk heeft in de laatste honderd jaar bijzonder veel te lijden gehad. In 1897 brandde de toren uit en in 1934 verwoestte een brand de daken van de kerk. In mei 1940 beschadigden granaten en andere projectielen de kerk en de toren op diverse plaatsen, terwijl in 1945 nog eens de lantaarn van de toren werd getroffen en het schip gedeeltelijk werd vernield. Door deze rampspoed moest men kerk en toren binnen korte tijd enkele malen ingrijpend restaureren. De laatste omvangrijke restauratie van de toren bereikte omstreeks 1978 haar voltooiing.
De oudste delen van het bouwwerk zijn het koor en het dwarsschip, die uit de eerste helft of het midden van de 15de eeuw kunnen dateren. Het oude schip werd in de tweede helft van de 15de eeuw aanmerkelijk verbouwd en vergroot. Hierbij werden telkens twee van de oorspronkelijke traveeën tot één grote travee verenigd. Aan de noordzijde verrees een enkele zijbeuk van gelijke hoogte als de middenbeuk, aan de zuidzijde een dubbele. Terwijl koor en dwarsschip vrij sober zijn gehouden, vertoont het schip met het steenhouwwerk aan steunberen, portalen en balustraden een rijkere architectuur.
De natuurstenen venstertraceringen dateren van de laat-19de-eeuwse restauratie. De restauratie na de brand van 1934 had ingrijpende gevolgen voor het uiterlijk van de kerk. De muren werden verhoogd met een band metselwerk boven de oorspronkelijke gootlijst. De nieuwe balustrade op de verhoogde muren herhaalt de vormen van een vroegere borstwering, maar de in de goten geplaatste fialen zijn toegevoegde elementen. Het uiterlijk van de kerk wijzigde men bovendien door verhoging van de kleine traptoren aan de noordzijde van het koor en door wijziging van de vorm van het houten vieringtorentje. Ook het inwendige van de kerk is bij die restauratie niet onaangetast gebleven.
Zo heeft men alle muren ontpleisterd. Tijdens het werk stortte de noordwestelijke vieringpijler met de aangrenzende gewelfvlakken in, waarna men ook alle overige pijlers van het middenschip geheel heeft vernieuwd. De kapiteelvormige banden aan deze pijlers dagtekenen eveneens van deze restauratie. Sommige met fijn bladwerk versierde kraagstenen zijn nog wel oorspronkelijk.
Het belangrijkste kunstwerk in de kerk is het renaissance-oksaal, uitgevoerd met witte kalksteen en zuilen van Dinantse steen. Het is in twee fasen tot stand gekomen. De hoofdstructuur van overwelfde galerij met daarop de zangerstribune dateert van omstreeks 1530. De laat-gotische, ‘hangende’ gewelfknoppen in de vorm van vruchtenkorven wijzen daarop. Ongeveer in het jaar 1570 kreeg het oksaal zijn huidige, rijke decoratie in vroege renaissance-stijl. Voor de architectuur ervan maakte men gebruik van het ordeboek van Serlio.
Voor de decoratie werd gewerkt naar voorbeelden van Vlaamse ornamentisten als Cornelis Bos. De maker is onbekend, maar er wordt wel gedacht aan Colijn de Nole. Boven de zuilen ondersteunen (nogal beschadigde en bijgewerkte) hermen de borstwering. Op de rechterhoek zijn de Dood en een profeet voorgesteld. In de zwikken van de geprofileerde rondbogen beelden vrouwenfiguren drie goddelijke en vijf (normaliter vier) kardinale Deugden uit, te weten: Geloof, Hoop, Liefde, Gerechtigheid, Matigheid, Voorzichtigheid, Standvastigheid en Waakzaamheid. Van de reliëfs die deel uitmaakten van de balustrade zijn de kleinere weggehakt en de grote door moderne vervangen.
De consoles onder de balustradepilasters zijn hergebruikte gewelfknoppen uit de bouwfase van 1530. Rijk versierd met dezelfde motieven zijn het middenvenster en de beide doorgangen naar het koor.
In het koor staan fraaie, uit 1570 daterende, koorbanken met fijn gesneden, vroege renaissance-ornamenten in de friezen, die eveneens ontleend zijn aan het werk van Cornelis Bos. Het priestergestoelte in de zuiderdwarsarm moet ongeveer even oud zijn en stond oorspronkelijk ook in het koor. De eikenhouten tochtportalen tegen de noord- en zuidwand van het schip dateren uit 1654. De rijk versierde, laat-17de-eeuwse kansel rust op een voet die is samengesteld uit voluten en engelenfiguren. De koperen lezenaar dateert van 1676. Verspreid in de kerk hangen verschillende borden: in het koor een bord uit 1599 met zestien bijbelteksten, in het schip een vroeg-17de-eeuws Tien Gebodenbord (de zijvleugels zijn beschilderd met de figuren van Mozes en Aâron), een bord met de Twaalf Geloofsartikelen (gedateerd 1775, maar met oudere pilasters) en drie borden met de namen van de predikanten vanaf 1583.
Het orgel is uit 1957. Aan de westzijde geeft een trap toegang tot een, nu dichtgemaakte, onderaardse gang naar het Agnietenklooster, dat aan de overzijde van de straat lag. In de kerk was voor het klooster in de 15de eeuw een zogenaamde nonnengalerij ingericht. De Cuneratoren in Rhenen (1492-1531) is een van de mooiste laat-gotische scheppingen in ons land, verwant aan de Domtoren te Utrecht en de O.L.-Vrouwetoren te Amersfoort. In de forse eerste geleding wisselt het baksteenwerk af met speklagen van natuursteen. De tweede geleding en de lantaarn zijn geheel in natuursteen uitgevoerd.
De licht uitgevoerde overhoekse steunberen zijn sterk versneden. De eerste geleding bestaat uit twee delen. Het onderste deel bevat het torenportaal met straalgewelf en het bovenste deel is aan de buitenzijde voorzien van grote diepe middennissen met vrijstaande traceringen. De diepe zijnissen van de tweede geleding gaan achter de hoekpenanten in elkaar over. Op elke geleding bevindt zich een omgang met balustrade. De bekroning van de opengewerkte, achtkantige lantaarn bestaat uit een stenen voet, een klokvormig dak en een topkoepeltje.
Oorspronkelijk liep het dak minder steil op en zag het koepeltje er iets anders uit. De huidige vorm dateert van de herbouw na de brand in 1897 en werd bij de herbouw na de verwoesting in 1945 gehandhaafd. Het beeldhouwwerk aan de toren is deels nog oorspronkelijk. Na de brand van 1897 voegde men pinakels en kruisbloemen toe die er voordien niet waren. In de jaren dertig heeft men in eigentijdse vormen nieuwe pinakels en waterspuwers aangebracht en bij de jongste restauratie nieuwe heiligenbeelden.
