Dorp ontstaan als veenontginning in de 12de eeuw langs een oost-west lopende ontginningsas in het gebied tussen de Beemster en de Wijde Wormer. Een eerste kern vormde zich rond de huidige Herv. kerk aan het Oosteinde. Het dorp groeide in westelijke richting uit langs de tot wegsloot gekanaliseerde veenstroom.
Hierdoor ontwikkelde zich een dichtbebouwd dubbel bebouwingslint, dat in de 17de eeuw doorliep tot aan de huidige Zandweg. Vanaf de 17de eeuw ontstond langs de Zaan en de Nieuwe Vaart een belangrijk industriecentrum met veel industriemolens. Vooral de Wormer scheepsbeschuitbakkerijen - op een bepaald moment 130 stuks met acht bijbehorende korenmolens - waren bekend. Na 1850 verloren veel van deze molens hun functie en maakten ze plaats voor bakstenen fabrieksgebouwen en pakhuizen. In 1888 kwam er een vaste brug over de Zaan. Na de Tweede Wereldoorlog is Wormer aan de westzijde flink uitgebreid. Aan de zuidkant langs de Zaan heeft men rond 1995 een woonwijk ingericht op het terrein van de voorm. papierfabriek van de firma Van Gelder & Zn. (Eendrachtstraat).
