Het voorm. Binnengasthuis ontstond in 1582 door het samengaan van het St.-Pieters- en het O.L.-Vrouwegasthuis, die in 1579 de beschikking hadden gekregen over de terreinen en gebouwen van twee nonnenkloosters in de zuidpunt van de oude binnenstad.
Aan de Oudezijds Achterburgwal resteert nog de oude Gasthuispoort (1603), met beeldhouwwerk in de vorm van het stadswapen geflankeerd door twee zieken (1736, Jan van Logteren).Ten behoeve van de latere Nederlandse Bank kwam de westelijke rand van het terrein (Oude Turfmarkt) in handen van de Staat (1814). De eerste plannen tot een algehele nieuwbouw van het gasthuis als ziekenhuis maakte men in 1846. Van nieuwe plannen uit 1862 (A.N. Godefroy) kwam eerst de Kraamkliniek (Turfdraagsterpad 1-9/Oude Turfmarkt 125; 1868-'70) tot stand als een groot eclectisch gebouw met midden- en hoekrisalieten aan de zijde van Grimburgwal. Aan de oostzijde daarvan staat het in eclectische stijl uitgevoerde Verpleeghuis voor Vrouwen of ‘Vrouwenverband’ (Turfdraagsterpad 15; 1874-'77, A.N. Godefroy en B. de Greef).
In vroege neorenaissance-stijl bouwde men het wachtkamergebouw ‘Onder de klok’ (OZ Achterburgwal; 1873-'75). H. Leguyt ontwierp in neorenaissance-stijl het Klinische Ziekenhuis (OZ Achterburgwal 233; 1888-'90), bestaande uit twee evenwijdige vleugels (mannen- en een vrouwenafdeling), en de Stads- en Gasthuisapotheek (Kloveniersburgwal 82; 1887). Van rond 1900 dateren het Laboratorium van Artsenijbereidkunde (Kloveniersburgwal 82a-84; 1897), vermoedelijk ontworpen door Leguyt, en de Tweede Chirurgische Kliniek (Vendelstraat 2; 1897-1900, F.W.M. Poggenbeek), die later werd vergroot met het zusterhuis (Nieuwe Doelenstraat 15; 1903). De Dienst Publieke Werken leverde het ontwerp voor het keukengebouw (Kloveniersburgwal 86-88; 1908).
Opvallend is het expressionistische ontwerp van J.M. van der Mey voor het administratiegebouw (Binnengasthuisstraat 9; 1913-'14). In een van de vertrekken heeft men de betimmering van de oude regentenkamer van het gasthuis ingepast, met een schouw en geschilderde behangsels (Jurriaan Andriessen). De aangebouwde kinderkliniek is afgebroken. Na het vertrek van het ziekenhuis naar het Academisch Medisch Centrum (1981) zijn de meeste gebouwen gerestaureerd.
