Het dorp ligt op de noordelijke helling van de vallei van de Molenbeek-Ter Erpenbeek, die net ten zuiden van het dorpscentrum loopt en door de lage, natte gronden weinig bebouwing kent.
De dorpskern van Aaigem ligt op ongeveer 53 m boven zeeniveau, de Molenbeek die in het dal loopt ligt op ongeveer 30 m. Het hoogste punt van Aaigem bevindt zich in Opaaigem.
Mogelijk behoorde het grondgebied van Aaigem voor de invallen van de Noormannen toe aan de abdij van Sint-Pieters of Sint-Baafs in Gent.
In de feodale periode hoorde Aaigem bij het Land van Aalst, en binnen dit gebied bij het Land van Haaltert, later ook Land van Rotselaar genoemd, naar de heren van Rotselaar die er generaties lang leenheer waren.
De toren vormde oorspronkelijk echter de vieringstoren van de oude kerk; de aanzet van de daken van de zijbeuken en het koor zijn nog goed zichtbaar.
Het 18e-eeuws gedeelte van de kerk is classicistisch en gemaakt naar plannen van architect F. Drieghe, die ook de Sint-Christoffelkerk van Evergem bouwde.
