Van der Heijden wordt weleens gezien als de vertegenwoordiger van een generatie die na de oorlog opgroeide; dit in tegenstelling tot schrijvers als Harry Mulisch, Willem Frederik Hermans en Jan Wolkers die de Tweede Wereldoorlog tot een belangrijk motief in hun werk maakten.
Kern van het oeuvre van Van der Heijden is de cyclus 'De tandeloze tijd'.
Waar Van der Heijden in de cyclus De Tandeloze Tijd veelal putte uit zijn eigen leven, borduurt hij in de Homo duplex reeks verder op de Griekse mythen; Drijfzand koloniseren is een vrije bewerking van Sofokles' Thebaanse trilogie, de Labdaciden en Mim is een eigentijdse variatie op het verhaal van Oedipus.
Eerder speelde Van der Heijden al met de Oedipus-mythe, in Advocaat van de hanen, waarin de advocaat uit de titel op zoek gaat naar een getuige van een moord.
Een requiem 1995 - Het bankroet dat mijn goudmijn is 1996 - Het Hof van Barmhartigheid - De tandeloze tijd, deel 3, eerste boek 1996 - Onder het plaveisel het moeras - De tandeloze tijd, deel 3, tweede boek 1997 - WHAMM, de democratisering van het talent 1998 - De gebroken pagaai 1998 - Sabberita 1999 - Het onmogelijke boek: een kleine monoloog van de auteur 2001 - Gevouwen woorden 2003 - De Movo tapes 2003 - Engelenplaque 2004 - Hier viel Van Gogh flauw 2006 - Drijfzand koloniseren 2007 - Het schervengericht 2007 - Mim 2008 - Voetstampwijnen zijn tandknarswijnen 2008 - Kruis en kraai 2008 - Gentse lente 2008 - De liefdesbaby 2008 - De censuurpaus 2009 - Doodverf 2011 - Tonio.
Voor de Europese Parlementsverkiezingen van mei 2014 stond Van der Heijden op de kandidatenlijst van de Partij voor de Dieren.
