De universiteit werd opgericht op 1 januari 2010, als gevolg van een fusie van de Technische Universiteit van Helsinki, de School voor Economie van Helsinki en de Universiteit voor kunst en grafische vormgeving.
De Technische Universiteit van Helsinki werd in 1849 opgericht als hogeschool door Nicolaas I van Rusland en kreeg in 1908 de status van universiteit.
Tijdens het fusiejaar van de drie universiteiten stond deze universiteit ook bekend als de Universiteit van Aalto voor Wetenschap en Technologie.
De School voor Economie van Helsinki werd in 1904 opgericht en kreeg in 1911 de status van universiteit.
In 2004 kwam een werkgroep onder leiding van Anne Brunila van het Finse Ministerie van Financiën tot de conclusie dat Finland te veel universiteiten en andere instellingen voor tertiair onderwijs had. Hierop stelde Yrjö Sotamaa, president van de Universiteit voor kunst en ontwerp van Helsinki, voor om de drie universiteiten van Helsinki te fuseren tot een grote universiteit.
Sari Sarkomaa, destijds de Finse minister van onderwijs, tekende op 25 juni 2008 samen met vertegenwoordigers van de Finse industriële sector en professionele organisaties de officiële charta voor de nieuwe universiteit.
