Het beheer van het natuurgebied Aalkeetbuitenpolder is hoofdzakelijk gericht op weidevogels.
Een deel van het waterpeil in de polder is verhoogd waardoor het gras minder snel groeit.
Sinds Natuurmonumenten in 2009 begonnen is met het verbeteren van de omstandigheden voor weidevogels in dit gebied, nemen de aantallen en de soorten vogels die hier waargenomen worden toe.
Het hakhout op de Rijskade aan de noordoostkant vormt een schuilplaats en leefgebied voor wezel en tal van insecten.
De mogelijke komst van de Blankenburgtunnel vormt een bedreiging voor het voortbestaan van de Aalkeetbuitenpolder en voor nabijgelegen natuurgebieden zoals de Rietputten, het Volksbos en het Oeverbos.
De mate van bedreiging is afhankelijk van het tracé dat gekozen gaat worden.
