De Sint-Andrieskerk is gelegen aan de linkerkant van de Sint Pieterspoort, bij de Maas. In de dertiende eeuw woonden er begijnen in het gebouw, wat voor het laatst werd vermeld in 1431.
Het Sint-Andriesklooster was een begijnhof dat werd gesticht vóór 1231 en zich bevond op grondgebied van Sint Pieter, bij de Saxdries (later bekend als de Maagdendries). Volgens een oorkonde uit 1431 bestonden er twee afzonderlijke begijnconventen van Sint Andries, waarvan er één was gevestigd in het noorden bij de Lindenkruispoort en de ander in het zuiden op de plaats waar het klooster zich bevond. Beide conventen waren oorspronkelijk onderdeel van de Sint Matthijsparochie en werden geleid door kruisheren.
In 1440 vestigden zich tertiarissen van Sint Franciscus in het klooster, wat leidde tot een periode van grote bloei. Tijdens deze periode verwierf het klooster veel schenkingen en werd er een aantal handschriften geproduceerd, die getuigen van invloed van de Moderne Devotie.
Vanaf 1491 was de rector van het klooster lid van het Sint-Servaaskapittel en moest hij de besluiten van de priorin en zusters goedkeuren. Bij de opheffing van het klooster in 1796 woonden er acht koorzusters en een werkzuster.
De Sint-Andrieskapel is een oude kapel die oorspronkelijk onderdeel was van het Sint-Andriesvrouwenklooster. Het oudste deel van de kapel dateert uit 1350-1375 en rond 1450 werd het gebouw vergroot met een vijfde en zesde travee. In 1471 werd de kapel herwijd door de bisschop van Luik, Louis de Bourbon. Zijn opvolger, Jan van Horn, liet zich in de kapel tot priester en bisschop wijden.
In de zeventiende eeuw kwam wijbisschop Blavier van Luik herhaaldelijk naar de kapel om het vormsel toe te dienen. Later werd de kapel door een tussenvloer verdeeld in een bovengalerij voor de zusters en een benedenkapel voor de buurtbewoners. In 1696 werd er een kelder aan de kapel toegevoegd.
Tijdens de Franse Tijd werd de kapel genationaliseerd en ingericht als magazijn. De beelden uit de kapel werden naar de kerk van Sint Pieter Boven gebracht en de sacristiekast naar de dagkapel van de Sint-Servaaskerk.
In de negentiende eeuw was de Sint-Andrieskapel een militaire gevangenis. Rond 1820 en 1893 werd het gebouw verbouwd. Op 16 september 1896 werd de kapel ingewijd als hulpkerk voor de Sint-Matthijsparochie door bisschop Boermans van Roermond. Vanaf 1898 werd de kapel gebruikt als kinderkapel en er werden aanpalende kleuter- en lagere scholen voor ongeveer zeshonderd kinderen gebouwd (1904).
Op 1 januari 1906 droeg het kerkbestuur de school over aan de Zusters van het Arme Kind Jezus, waardoor de exploitatiekosten van de lekenschool grotendeels vervielen. In 1951 maakte Charles Eyck in de kapel het gipsmodel voor het Bevrijdingsmonument op het Koningsplein. Ook Piet Killaars en Frans Gast hielden atelier in de kapel.
Na restauratie in 1982-1984 werd de kapel gebruikt als archiefdepot voor het SHCL (1984). De positie van de nonnengalerij, die in 1820 was verwijderd, is op de wanden aangegeven.
