Baer (Karl Ernst von), een schrander en geleerd natuuronderzoeker, werd geboren den 17den Februarij 1792 in Esthland op het landgoed van zijn vader en genoot er tot op 16-jarigen ouderdom privaat onderwijs. Zijn vader wilde hem naar de militaire school te Reval zenden, maar gaf dit voornemen op, en Karl Ernst bezocht in 1810 de universiteit te Dorpat, waar hij zich op de geneeskunde toelegde. Hij verkreeg de doctorale waardigheid in 1814, nadat hij reeds een half jaar in het militaire hospitaal te Riga dienst had gedaan als assistent-geneesheer.
Niet lang daarna ondernam hij eene wetenschapplijke reis door Duitschland, en eene kennismaking met Döllinger gaf hem aanleiding tot beoefening der zoötomie. In 1817 werd hij prosector aan de universiteit te Koningsbergen, in 1819 buitengewoon en in 1822 gewoon hoogleeraar in de zoötomie aldaar. Hij stichtte er het zoölogisch muséum, en werd er in 1826 directeur der anatomische lessen. In 1829 gaf hij gehoor aan eene beroeping naar Petersburg, maar reeds een jaar daarna deed hij er afstand van zijn hoogleeraars-ambt en keerde naar Koningsbergen terug. Niettemin aanvaardde hij in 1884 de betrekking van bibliothecaris enz. in Ruslands hoofdstad, en in 1887 werd hem door de Keizerlijke Académie de last opgedragen om eene ontdekkingsreis te doen naar Lapland en Nova-Zembla.
Vooral achtte men het van belang, dat hij de ijsbergen onderzocht, die zich aan de noordkust van dit eiland verheffen. De gestadige noordewinden verhinderden hem, dit gedeelte zijner taak te volbrengen, zoodat hij den 31sten Augustus 1837 Nova Zembla en den 11den September Archangel bereikte, een aantal planten medebrengende. Hij heeft een verslag van die reis gegeven in het “Bulletin scientifique” der Keizerlijke académie. In 1862 nam hij zijn ontslag als lid der Académie, maar werd tot eerelid verkozen, en in 1864 vierde hij het feest van zijn 50-jarig doctoraat.
Baer heeft een groot aantal belangrijke geschriften geleverd over den bouw en de ontwikkeling der dieren. In de jaren 1851 tot 1856 heeft hij op last der Russische regering den toestand onderzocht der visscherij in het meer Peipus en aan de kusten der Oostzee en hierover een uitgebreid werk geschreven. Ook zijn wij aan hem de beste beschrijving der Caspische zee verschuldigd. In den laatsten tijd heeft hij zich vooral bezig gehouden met een wetenschappelijk onderzoek der schedels.