Situatie in een stamboom waarbij een kenmerk bij verschillende taxa dezelfde toestand heeft omdat die toestand later ontstaan is bij een gezamenlijke voorouder die niet de voorouder van de hele stamboom is
Synapomorfie betekent letterlijk “gezamenlijk afgeleid”. Hierbij is “afgeleid” op te vatten als modern, later ontwikkeld, niet teruggaand op de voorouder. Een synapomorfie heeft altijd betrekking op meerdere taxa (je wilt de overeenkomst tussen taxa aanduiden), terwijl een apomorfie (of apomorf kenmerk) een term is die op één taxon slaat. Synapomorfie staat tegenover symplesiomorfie (gezamenlijk primitief); dit is een overeenkomst die juist wel teruggaat op de voorouder.
Synapomorfieën zijn de meest informatieve situaties bij fylogenetische reconstructies. Zonder synapomorfieën kun je geen stamboom maken; er moeten overeenkomsten zijn die niet van de voorouder komen. Synapomorfieën geven houvast om soorten bij elkaar te plaatsen en af te zonderen van andere soorten. Overeenkomst tussen twee soorten kan echter ook veroorzaakt worden door homoplasie. Het onderscheiden van synapomorfieën van homoplasieën is de grootste uitdaging voor de fylogenetische reconstructie.
Voorbeelden bij de evolutie van de mens zijn:
- Het dragen van de testikels in een scrotum is binnen de mensapen een synapomorfie voor mens en chimpansee.
- Een hersenvolume van meer dan 1500 c.c. is een synapomorfie voor mens en neanderthaler.
- Bipedalisme is een symplesiomorfie voor de homininen.
- De sagittale kam is een symplesiomorfie voor de Paranthropus-soorten.
Of een gedeelde kenmerktoestand opgevat kan worden als een synapomorfie of als een symplesiomorfie hangt in principe af van welke soort je als voorouder neemt of binnen welke groep je kijkt. De torus supraorbitalis is een synapomorfie voor apen van de Oude Wereld (Catarrhini), maar een symplesiomorfie voor de mensapen. Hij komt namelijk alleen bij mensapen voor.
