Overeenkomst tussen taxa in een stamboom die ontstaan is doordat onafhankelijk van elkaar bij die taxa dezelfde kenmerktoestand geëvolueerd is
Homoplasie is een storende factor bij het reconstrueren van stambomen, want het zorgt ervoor dat soorten bij elkaar geplaatst worden terwijl hun overeenkomst niet duidt op verwantschap. Het onderscheid tussen homoplasieën en synapomorfieën (overeenkomst vanwege verwantschap) is een van de grootste uitdagingen in de fylogenetische reconstructie.
Homoplasie komt vooral voor bij kenmerken die snel evolueren onder selectie. Bij de homininen zien we homoplasieën in het gebit, omdat dat zich snel aanpast aan de voedingsgewoonte. Zo is bijvoorbeeld volgens een analyse van R.R. Skelton en H.M. McHenry uit 1992 de overeenkomst in het kauwapparaat tussen de drie Paranthropus-soorten een homoplasie. Dat wil zeggen dat de zware kaak en grote platte kiezen bij P. aethiopicus geëvolueerd zijn als aanpassing aan het eten van taaie bladeren en noten, onafhankelijk van het kauwapparaat van P. robustus en P. boisei, die hetzelfde deden. De Paranthropus-soorten werden door Skelton en McHenry dan ook niet bij elkaar in één clade geplaatst. Tegenwoordig is dit idee trouwens weer verlaten en wordt Paranthropus wel als een monofyletische groep gezien.
Een ander voorbeeld is de overeenkomst tussen mens en gibbon als het gaat om seksuele dimorfie en de daarmee samenhangende monogame levenswijze. Deze overeenkomst duidt niet op nauwe verwantschap want orang-oetan, gorilla en chimpansee zitten er nog tussen. Seksuele systemen evolueren te snel om als houvast voor de fylogenie te nemen.
Ook in de moleculaire fylogenie komt homoplasie veel voor. Een basepositie kan veranderen van A naar G en vervolgens weer terug. Zulke reversies geven veel ruis in de reconstructie.
