Extrachromosomaal DNA in een prokaryote cel, meestal circulair van vorm, waarop genen liggen die het organisme toegevoegde eigenschappen geven
Het DNA van bacteriën is meestal verdeeld over een haploïd chromosoom, een circulair DNA-molecuul dat het gros van het DNA bevat, en een of meerdere kleine DNA-moleculen, meestal ook circulair, waarop genen liggen die coderen voor specifieke eigenschappen. Het chromosoom bevat alle genen nodig voor de normale stofwisseling, onderhoud en overleving van de cel, terwijl het plasmide fysiologische eigenschappen codeert die per stam kunnen verschillen, bijvoorbeeld antibioticaresistentie, pathogene virulentie of symbiose. Men noemt dit ook het accessoire genoom.
Plasmiden zijn relatief kleine dubbelstrengs DNA-moleculen (1000 tot 200.000 nucleotiden lang) en hebben hun eigen replicatie-oorsprong (“origin of replication”), het stuk DNA dat nodig is voor de prokaryotische DNA-replicatie; ze repliceren los van het hoofdchromosoom.
Er is echter veel variatie tussen bacteriën. Bij Proteobacteria en Spirochaeta omvat het genoom veelal meerdere elementen. Bijvoorbeeld, Agrobacterium tumefaciens heeft een circulair chromosoom van 2,8 Mbp en een lineair chromosoom van 2,1 Mbp, plus twee megaplasmiden, een van 543 kbp en een van 214 kbp. De kleinste daarvan is het Ti-plasmide dat overgedragen kan worden op een plant en gebruikt wordt bij genetische modificatie.
Met behulp van plasmiden kunnen bacteriën DNA met elkaar uitwisselen. Ze zijn daarom belangrijk bij het proces van horizontale genoverdracht en de bacteriële recombinatie.
Plasmiden worden in de biotechnologie op grote schaal gebruikt om “vreemd” DNA in een gastheercel te brengen (transformatie). De hierbij gebruikte plasmiden zijn afgeleid van natuurlijke plasmiden maar sterk veranderd en geoptimaliseerd naar hun taak. Bijvoorbeeld, kloneringsplasmiden zijn speciaal ingericht om het kloneren van genen mogelijk te maken.
