Gekanaliseerd riviertje in de gemeente Pekela dat uit het Hoetmansveen ontsprong en uitmondt in de Westerwoldsche Aa. In het begin van de 17de eeuw is het bevaarbaar gemaakt om veen en turf af te voeren, en in 1728 vergraven tot een kanaal, het Pekelerhoofddiep.
Hieraan ontstonden achtereenvolgens de veenkoloniën Oude Pekela (of Beneden Pekela), Nieuwe Pekela en Boven Pekela (= Noorderkolonie en Zuiderkolonie). De zeevaart en scheepsbouw ontwikkelden zich er sterk; omstreeks 1800 begon men grote zeeschepen te bouwen. De eerste Pekelder kot werd in 1792 afgeleverd door Lammert Pijks; later kwamen de schoeners in de vaart. In de Bataafs-Franse tijd werd veel smokkelhandel bedreven. Van de scheepvaart is nu niets meer over.In 1877 werd de ‘middendam’ tussen het Pekelerhoofddiep, ook wel kort Pekderdiep genoemd, en het Stadskanaal opgeruimd. Eerder al, in 1820, kwam de verbinding met de Ommelanderwijk tot stand. De Pekel-Aa komt bij De Bult (gemeente Bellingwedde) uit in de Westerwoldsche Aa via het Bultsterverlaat. Het Renselverlaat zorgt voor de verbinding van de Pekel-Aa met de Rensel en het Winschoterdiep, ten o. van Winschoten; deze waterverbinding dateert uit 1727.
Andere omschrijvingen van Pekel-Aa en Pekelerhoofddiep: Pekel-A, Pekel Aa, Pekelerdiep, Pekeler Diep, Pekeler Hoofddiep en Pekelder Diep.
