Assimilatie is het proces in de levende natuur, waarbij uit door plant of dier opgenomen stoffen, verbindingen gevormd worden waaruit deze levende organismen zijn opgebouwd. In ruimen zin kan men dit dus ook aanduiden met voeding.
Ten gevolge van assimilatie heeft dus groei en gewichtstoename plaats. Bij dieren is het geen gewoonte van assimilatie te spreken. Bij planten echter wel en men bedoelt er dan meer speciaal het proces mee waarbij onder invloed van het zonlicht door de groene plant het koolzuur uit de lucht in zetmeel wordt omgezet.
Uit het oogpunt van de voedselvoorziening van mensch en dier is dit een buitengewoon belangrijk proces, want alle koolhydraten uit het plantaardige voedsel — en dat zijn er vele — worden door het assimilatievermogen gevormd.
