Geboren 1509 in Florence. Hij was secretaris en tegelijk een invloedrijk vriend van paus Clemens VII.
Sinds 1540 kwam hij onder reformatorische invloeden. Eerst door Juan de Valdes en ook door het lezen van Luthers geschriften.
De inquisitie hield hem in het oog. Paulus III beschermde hem, maar Paulus IV veroordeelde hem als ketter.
Deze stierf echter, voordat zijn vonnis kon uitgevoerd worden. Pius IV, die bevriend was met Carnesecchi, sprak hem weder vrij (1561), maar Pius V wist het daarheen te leiden, dat Carnesecchi door zijn vriend den hertog Cosimo van Florence in 1566 aan de inquisitie uitgeleverd werd.
Te Rome werd hij in 1567 terechtgesteld.