Geboren 1588 te Lobzenic in Polen, uit ouders die tot den adelstand behoorden en de Gereformeerde religie waren toegedaan. De eigenlijke familienaam luidt Makowsky.
Johannes Maccovius had reeds vroeg lust tot de studie, en gaf van den beginne af blijken met een uitnemenden aanleg begiftigd te zijn. Hij bezocht het gymnasium van Rector Keckerman te Danzig, en maakte daarna studiereizen om verschillende academiën te bezoeken.
Achtereenvolgens werd het onderwijs te Praag, Coblenz, Heidelberg, Marburg, Leipzig, Wittenberg en Franeker genoten. Aan de Franeker academie promoveerde hij 8 Maart 1614 tot Doctor in de Godgeleerdheid, na een openbare disputatie „de Ecclesia”, over de Kerk.
Lubbertus was zijn promotor en gaf hem een zeer loffelijk getuigenis. Hij vestigt zich als privaat docent in Franeker, waar zoo veel Polen en Hongaren kwamen studeeren.
Als er in de Theologische Faculteit vacatures zijn, zenden de studenten een verzoekschrift in om Dr Maccovius tot hoogleeraar te benoemen, omdat hij bijzonder geleerd was en uitnemende gaven voor het onderwijs bezat. In 1615 wordt hij tot buitengewoon hoogleeraar benoemd, en reeds vijf maanden later volgt zijn benoeming tot gewoon hoogleeraar; tevens wordt hem het onderwijs in de fysica opgedragen.Reeds vrij spoedig werd de goede verstandhouding tusschen Lubbertus en Maccovius verstoord, omdat beide karakters niet harmonieerden, en Lubbertus jaloersch was op den grooten toeloop van studenten naar Maccovius. Daar kwam bij dat het leven van Maccovius, in het begin van zijn loopbaan althans, niet onbesproken was, en dat er aanmerking op zijn wandel te maken was. En ook begon Maccovius met een nieuwe leermethode aan onze vaderlandsche hoogescholen. Hij is ten onzent de baanbreker van de scholastieke theologie. Tot nu toe was de theologie meer eenvoudig en bijbelsch behandeld, maar Maccovius, die zeer wijsgeerig was, stelde de filosofie ten dienste der theologie, gebruikte filosofische termen, en leidde tot de consequenties uit de beginselen. Daar hij een streng supra-lapsarist was, en bij voorkeur de consequenties van het supra-Iapsarisme behandelde, kwam hij in conflict met Lubbertus, die noch van de nieuwe leermethode, noch van het supra-Iapsarisme weten wilde. Aangeklaagd bij de classis Franeker, werd Maccovius veroordeeld, maar hij beriep zich op de particuliere synode van Friesland, die de zaak stelde in handen van Gedeputeerde Staten, en dezen verwezen de zaak naar de synode van Dordrecht 1618—’19, die juist vergaderde.
De twistzaak van Lubbertus en Maccovius is, nadat het geding met de Remonstranten beslecht was, een der belangrijkste zaken geweest, die de Synode van Dordt behandeld heeft. Prof. J. Heringa van Utrecht schreef hierover in het Archief voor Kerkelijke Geschiedenis deel 111 een beroemde studie, die ook afzonderlijk in boekvorm werd uitgegeven onder den titel: De twistzaak van den Hoogleeraar Johannes Maccovius door de Dordrechtsche Synode ten jare 1619 beslecht.
Alexander Comrie vertelt in zijn Brief over de Rechtvaardigmaking des zondaars, pag. 35 v.v. van de twistzaak van Maccovius, en schrijft: „Maccovius, de Poolsche edelman, een van de subtielste disputanten van zijn tijd tegen de Socinianen en Jezuieten, na hij onder Keckermann te Danzig gestudeerd, en verscheidene Academiën bezocht had, werd eindelijk te Franeker beroepen tot Professor Theologiae, vanwege zijn zonderlinge begaafdheid, godvruchtigheid en vermogen om de tegensprekers, daar het toen niet aan ontbrak, den mond te stoppen. Lubbertus was zijn collega, deze benijdende den overgrooten toeloop van hoorders, die te allen tijde tot Maccovius’ lessen toevloeiden, vanwege deszelfs diepzinnig en allernauwkeurigst stellen van den staat der verschillen in elk hoofdstuk der Godgeleerdheid, verkreeg behendiglijk deze en gene stellingen van Maccovius, in den tijd in welken de Arminianerij het hoofd onder hooge protectie begon op te steken. Om zijn ambtgenoot te vernederen sloeg hij twee wegen in: de eene was, de classis Franeker eenige in het eerst hard schijnende keringen van Maccovius voor te dragen, opdat deze die aan de Staten van Friesland zoude overbrengen; daar bleven ze in status quo, totdat de Dordtsche godgeleerden al lang waren vergaderd geweest. De andere was: die stellingen naar Heidelberg te zenden, toen vooral in achting, dewijl over een Catechismus stond gehandeld te worden, en bracht dus te weeg dat de keringen zeer verkeerdelijk te Heidelberg beoordeeld werden. Gedurende de zitting van het Dordtsche concilie, werden zoo vanwege de classis Franeker als de Staten van Friesland, deze punten tegen Maccovius in de 138e zitting te berde gebracht, benevens een geschrift van Maccovius, recht verzoekende, en zijn collega Lubbertus beschuldigende als zijn aanklager. Dit alles opgelezen zijnde, zoo werd bevonden, volgens P.
Heylyn, een bekende Remonstrant, die deze historie verhaalt, dat 50 punten ten laste van Maccovius werden ingebracht. Hij geeft ze niet op. De Schotsche godgeleerde Balcanqual, die de voorlezing van alles mede aanhoorde, zegt in zijn brieven, dat er maar twee waren die eenigen schijn hadden, en dat het jammer was zulk een geleerd man daarover voor zulk een concilie te roepen. Lubbertus ontkende, dat hij Maccovius’ beschuldiger was, waarom hij van den praeses, Bogerman, die toen te Leeuwarden predikant was, en het geheim van alles wist, benevens van den scriba Festus Hommius, die mede van alles kundig was, zeer hartelijk over zulk liegen voor God en die vergadering bestraft zijnde, zoo werd de zaak, volgens advies van de buitenlandsche godgeleerden en een commissie van de inlandsche, als een huishoudelijke zaak ten onderzoek gegeven; in welke commissie, ofschoon, Scultetus, die tevoren die punten te Heidelberg had helpen veroordeelen, zich tot groote ergernis van de buitenlanders daar had ingedrongen, Maccovius in alles rechtzinnig bevonden werd, en is op hun rapport, tot Lubbertus’ beschaming, voor zoodanig een openlijk erkend van de geheele Synode.” De commissie door de Synode benoemd om de zaak te onderzoeken heeft Maccovius vrijgesproken van dwaalleer en ketterij, maar was van oordeel dat het een en ander te berispen viel, en dat er verzoening tusschen Lubbertus en Maccovius moest plaats hebben. De acte van reconciliatie luidde aldus:
1e. Uit de aangehaalde lessen en stellingen van Maccovius kan niet bewezen worden dat hij aan Sociniaansche of Heidensche of Pelagiaansche of andere ketterij schuldig is. Hij is dus hiervan ten onrechte aangeklaagd.
2e. Maccovius behoort vermaand te worden, om zich te onthouden van uitdrukkingen die aan jonge lieden ergernis geven. Hij onthoude zich van het hekelen en berispen van gevoelens en onderscheidingen, aangenomen door godgeleerden, die rechtzinnig zijn en zich verdienstelijk bij de kerk hebben gemaakt, van hoedanigen aard deze is: dat God wel de toelating der zonde, niet de zonde zelve wil. Hij kieze tot het redetwisten onderwerpen, die de jeugd kunnen opbouwen in de rechtzinnige leer en in de godzaligheid, en die den vrede der kerk kunnen bewaren. In zijn onderwijs bediene hij zich van een wijze van spreken, die met de Heilige Schrift overeenkomstig, duidelijk, gemakkelijk, en aan rechtzinnige Hoogescholen gebruikelijk is. Zijn goed gevoelen drukke hij ook goed en duidelijk uit, en hij onthoude zich van stellingen, die op zich zelve beschouwd, aan meer eenvoudigen aanstoot geven, van hoedanigen aard de volgende zijn: dat God op geenerlei wijze de zaligheid van allen wil; dat God de zonde wil en besluit; dat Hij den mensch verordineert tot zonde; dat Christus de zaligheid van allen niet gewild heeft. Eindelijk, hij kweeke den vrede aan met zijn ambtgenooten, en vermane de studeerende jeugd, dat zij zich gewenne haren leermeesters te eerbiedigen.
3e. Men behoort hen, die Maccovius veroordeeld hebben, te vermanen om hem voortaan niet van dwaalgevóelens aan te klagen, zoo zij daarvoor geen gewichtige bewijzen hebben.
Nadat de strijd met Lubbertus alzoo beëindigd was, brak voor Maccovius een nieuwe strijd uit met Amesius, die in het jaar 1622 als hoogleeraar te Franeker was opgetreden. Amesius was ook voorstander van de scholastieke theologie, en had als zoodanig op de Synode van Dordt het pleit voor Maccovius gevoerd, maar hij nam op het terrein der filosofie een ander standpunt in. Hield Maccovius zich aan de bekende filosofie van Aristoteles, Amesius sloot zich aan bij de nieuwere filosofie van Petrus Ramus. Met Amesius werd de strijd gestreden over deze driepunten: le. of er vóór de wedergeboorte nog voorbereidende genade is, 2e. of het Woord Gods vóór de wedergeboorte tot zaligheid gehoord wordt, 3e. of Christus alleen als God of ook als Middelaar aangebeden mocht worden. Maccovius loochende alle voorbereidende genade vóór de wedergeboorte, en leerde dat Christus alleen als God mocht worden aangebeden.
Maccovius is wat zijn bekwaamheid en geleerdheid aangaat een sieraad van de Friesche Academie te Franeker geweest. De Friesche kerken hebben een menigte van dienaren des Woords ontvangen, die door Maccovius zijn gevormd en met dankbaarheid zijn onderwijs hebben genoten. Hij was een streng Calvinist en overtuigd supra-lapsarist, die op de Synode van Dordt vermaand werd het supra-lapsarische gevoelen niet te eenzijdig te drijven, en niet in de uiterste consequenties door te voeren. Hij was een zeer scherpzinnig man en in het debat een geducht tegenstander. Voorde Theologie heeft hij zich zeer verdienstelijk gemaakt door invoering van de scholastieke leermethode aan de academies, en als zoodanig is hij aan te merken als de voorlooper van Voetius, die deze scholastiek bezegelde. Hij heeft vele dogmatische, polemische en filosofische geschriften nagelaten, die meermalen herdrukt zijn. Bij het volk is bekend: De godgeleerde onderscheidingen en de godgeleerde en wijsgeerige regulen, uit het Latijn vertaald.
In de laatste jaren van zijn leven heeft hij veel geleden aan podagra, asthma, waterzucht en leverziekte. Hij was zeer geduldig in zijn lijden, en is in vrede ontslapen 24 Juni 1644. Coccejus sprak de lijkrede bij zijn graf uit.
