Het Congregationalisme wortelt niet in de Puriteinsche beweging, maar in het Separatisme van Robert Browne (1550—1636), die zelf onder invloed stond van Nederlandsche Anabaptisten, die, door de vervolging uitgeweken, in Norfolk, waar Browne huiskapelaan van den hertog was, een toevluchtsoord gevonden hadden. Omdat Browne hartstochtelijk tegen de Staatskerk predikte, moest hij vluchten en week in 1581 met een deel zijner gemeente naar Middelburg, waar hij vertoefde tot 1584.
Hier schreef hij onderscheidene Tractaten, waarin hij leerde, dat de bisschoppelijke kerk innerlijk bedorven en dat van haar evenmin als van een presbyteriaansche kerk heil te verwachten was. Elk kerkbestuur, dat in een wereldlijke overheid zijn oorsprong had, moest als antichristelijk verworpen worden.
Elke gemeente van ware geloovigen, die zich scheidt van de staatskerk en die door een vrijwillig verdrag met God zich in gehoorzaamheid aan Christus onderwerpt, is een ware kerk. Christus is de eenige Koning.
Alle geloovigen zijn koningen, profeten en priesters. Evenwel heeft elke gemeente een herder, een leeraar, een of meer oudsten, een of meer helpers en een of meer weduwen, menschen, die gaven hebben voor het ambt en daarvoor door het volk zijn beproefd en worden aangenomen.
De leden der gemeente moeten op elkander acht nemen en de afzonderlijke gemeenten moeten in liefde met elkander samenwerken. In gewijzigden vorm is deze leer door Henry Barrow, Henry Ainsworth en John Robinson overgenomen.Het Congregationalisme of het Independentisme gaat uit van de autonomie der congregaties of plaatselijke groepen van geloovigen, geheel vrij en onafhankelijk van kerkverband en staatsgezag. De gedachte der autonomie wordt zeer scherp uitgedrukt in een petitie in 1616 aan Jakobus I, namelijk hun recht „of spiritual administration and government in itself and over itself by the common and free consent of the people independently and immediately under Christ.” De kerkgemeenten vallen niet samen met de burgerlijke grenzen, maar op een en dezelfde plaats kunnen verschillende gemeenten zijn, en elke vergadering is in eigen kring volkomen, onafhankelijk. Vandaar de naam Independenten.
Deze onafhankelijkheid geldt niet alleen van de beroeping der dienaren, maar ook van den eeredienst, de belijdenis en de lucht. Het bindend gezag der meerdere vergaderingen mag niet bestaan. De congregaties kunnen wel samenkomen in conferenties doch deze kunnen hoogstens advies uitbrengen. Er is maar één autoriteit en deze is Christus en de Heilige Schrift. Christus heeft het gezag gegeven aan de gemeente, en wel aan de leden der gemeente, individueel opgevat. Van een geestelijk voorrecht van de ambtsdragers en van een autoriteit der wereldlijke macht in de kerk mag geen sprake zijn.
Het onderscheid tusschen de regeerders en de leden der gemeente is hier opgeheven. De kerkeraad regeert niet, maar voert den wil der gemeente uit. Alle leden der gemeente zijn profeten. Wel zijn er dienaren, ouderlingen, diakenen en helpers in de gemeente, die naar goddelijke ordinantie door de gemeente geroepen worden, om het volk Gods te weiden, maar zij mogen geen heeren, maar moeten dienaren der gemeente zijn. De geldigheid van de besluiten des kerkeraads is afhankelijk van de toestemming der gemeente. Eveneens wordt de bindende kracht van de uitwendige vormen in het godsdienstig en kerkelijk leven verworpen.
Een voorgeschreven en vast formuliergebed geldt als vernietiging van den Geest. Zelfs het gebed des Heeren is hiervan niet uitgesloten. Vaststaande kerkelijke feestdagen moeten worden afgeschaft. God openbaart zich bij den voortduur door den Geest in de geloovigen. Als leden der gemeente mogen alleen geloovigen, d.i. uitverkorenen en wedergeborenen erkend worden. Slechts wie het kenmerk van een wedergeborene draagt mag tot de gemeente worden toegelaten.
De doop mag alleen bediend worden aan de kinderen der geloovigen. De kerk is dus een vergadering van uitverkorenen, maar dan in Dooperschen zin omgevormd. Voor het verbond Gods hebben de Independenten geen oog. Zij belijden zeer juist het koningschap van Christus in de kerk, en de vrijheid der geloovigen, maar hun fout is dat zij geen oog hebben voor het organisch karakter der gemeente, en deze beschouwen als een aggregaat van geloovigen, een som van individueele Christenen. De organische eenheid der kerk wordt dus verscheurd, met het verleden wordt gebroken, de leiding des Heiligen Geestes in de historie wordt miskend. Het is dan ook niet juist, wanneer H.
Weingarten zegt, dat „diese Verfassungsideen sind die Konsequenz der Kalvinistischen Prädestinationslehre”, want het Calvinisme wil de goddelijke praedestinatie en het verbond, d.i. den weg waarlangs God zijn volk tot de eeuwige zaligheid leidt, niet scheiden. De Independenten wilden wel Gereformeerd zijn, maar konden niet los worden van de beginselen der Dooperschen, waarmee zij van huis uit verwant waren en vertoonden in hun kerkelijke beschouwingen een enthousiastisch-revolutionaire kleur.
Van de gemeente der Congregationalisten scheidden in 1633 eenige leden af en constitueerden een zelfstandige gemeente. Een deel van hen kwam tot de overtuiging, dat niet alleen de kinderdoop, maar ook de doop der volwassenen door besprenging of begieting niet geoorloofd was, maar de doop door onderdompeling voor de zaligheid noodig was. Om die reden werd de dompeldoop ingevoerd. Zoo ontstond de eerste Baptistengemeente. De groote meerderheid der Baptisten behoort tot de „Regular” of „Particular Baptists”. Zij zijn, behalve in het stuk van verbond en doop, Calvinistisch in de leer en independentistisch in de kerkregeering. Zij gelooven in de zaligheid van allen, die sterven, voor zij tot de jaren des onderscheids gekomen zijn en houden den doop voor een uitwendig teeken en belijdenis van het geloof, dat alreede ontvangen is.
Het Congregationalisme is tot op dezen tijd in hoofdzaak gelijk gebleven. De afzonderlijke gemeenten zijn autonoom. De kern der gemeente zijn de leden, die op belijdenis des geloofs zijn toegelaten. Slechts wezenlijke „bekeerden” worden op voorstel van een commissie door stemming der leden aangenomen. Kinderen van de leden der gemeente kunnen ook gedoopt worden, maar zijn eerst dan leden, als zij formeel daartoe worden aangenomen. Rondom de kern der gemeente schaart zich de kring van hen, die aan de godsdienstoefeningen deelnemen.
Ook al zijn zij niet gedoopt en hebben zij nog geen belijdenis des geloofs afgelegd, behooren zij toch eenigszins tot de plaatselijke gemeente. Zij dragen mede bij tot de kosten voor de instandhouding der gemeente en werken mede tot de keuze des leeraars. Ambtsdragers der gemeente zijn: de pastor (ook ouderling of bisschop genoemd) en leeken-diakenen, die bij de bediening der Sacramenten en bij de oefening der barmhartigheid helpen. Afzonderlijke ouderlingen naast de predikers zijn er niet meer. De predikanten worden bij vrije stemming door de leden der gemeente gekozen, en door de naburige predikanten geordend. Een vast kerkverband of een bindende belijdenis van al de kerken is er niet, zoodat de onderscheidene gemeenten soms nogal verschillen in richting.
