De natuurwetenschappen zijn vanaf de 16e eeuw sterk opgekomen.
Francis Bacon (1561-1626) benadrukte het belang van experimenten (ten koste van de autoriteit van klassieke teksten).
In de astronomie volgde de ene na de andere ontdekking door Copernicus (de zon en niet de aarde, staat in het middelpunt van het heelal) en Galilei (die het Copernicaanse stelsel verdedigde en verder onderbouwde), na de uitvinding van de sterrenkijker, het slingeruurwerk, en dergelijke instrumenten.
In de fysiologie ontdekte Harvey de bloedsomloop (het hart is niet de zetel van de ziel maar een pomp die het bloed door onze aderen stuurt).
Isaac Newtons mechanica is een voorlopig culminatiepunt in die periode.
Door de ontwikkeling van de natuurwetenschappen wordt het wereldbeeld verregaand 'onttoverd' (zoals de socioloog Weber het uitdrukte): ontdaan van religieuze connotaties. De mens wordt meer en meer van zijn voetstuk afgehaald als kroon op het werk van de Schepper.
Uit het succesverhaal van de natuurwetenschappen hebben wetenschapsfilosofen de conclusie getrokken dat de natuurwetenschappelijke methode de methode van wetenschap is. (Zie: deductief-nomologisch verklaringsmodel). Een gevolg hiervan is dat wetenschappen die zich niet aan deze methode wensten of konden conformeren, ofwel een andere methode moesten claimen ofwel hun wetenschappelijke status moesten opgeven.
