Al een jaar na de oprichting van de Universiteit van Franeker in 1585 kon met de aankoop van de bibliotheek van Petrejus Tiara een basis voor de nieuwe bibliotheek worden gelegd.
De academiebibliotheek was bedoeld als aanvulling op de particuliere bibliotheken van de hoogleraren, die eerst ook de enigen waren die toegang hadden. Later in de 17e eeuw werden ook studenten toegelaten. De boeken waren praktisch allemaal in het Latijn, immers de wetenschapstaal. Vooral omvangrijke werken, te duur voor een particulier, werden verzameld. De bibliotheek beschikte niet over een vast budget, maar was afhankelijk van geschenken, waartoe bijvoorbeeld de hoogleraren verplicht werden, en van promotie- en examengelden. Het bibliothecarisschap was vaak een nevenfunctie voor een hoogleraar. Na de sluiting van het Athenaeum werd de bibliotheek (ca. 10.000 delen) naar Leeuwarden overgebracht en vormde daarmee de grondslag voor de in 1852 opgerichte Provinciale Bibliotheek van Friesland.
Zie: Sluis, J. van, De academiebibliotheek te Franeker anno 1601 (2011); Hermans, J.M.M. e.a. (red.), De Franeker universiteitsbibliotheek in de zeventiende eeuw (2007); bibliografie Wierda, L.S., Armementarium totius sapientiae (2005); voor deelstudies van M. Engels, http://home.wanadoo.nl./mpaginae.