Overgebleven zonder de oorspronkelijke functie, niet volledig ontwikkeld, maar teruggaand op een evolutionaire voorouder waarin die functie wel aanwezig was
Rudimentaire organen (Engels: “vestigial organs”) ontstaan als een soort zich aanpast aan een nieuwe omgeving en sommige eerder geëvolueerde organen niet meer nodig zijn. Het in stand houden van die structuren kost teveel energie of conflicteert met de ontwikkeling van nieuwe aanpassingen. De functieloze organen verdwijnen echter niet altijd geheel. Het ontwikkelingsprogramma blijft vaak in verkorte of onderdrukte vorm aanwezig en kan in sommige gevallen plotseling weer actief worden waarbij een atavisme (terugval op een voorouderlijke structuur) ontstaat.
Rudimentaire organen zijn evolutionair interessant omdat ze de samenhang aangeven met een voorouderlijke soort en een sterk bewijs vormen voor de geldigheid van een afstammingsrelatie. Bekende voorbeelden zijn de heupgordel bij walvissen, de pootachtige onderhuidse structuren bij slangen, de oorspieren bij de mens en het wormvormig aanhangsel aan de blinde darm.
Ook zonder hun oorspronkelijke functie zijn rudimentaire organen niet altijd functieloos. Zo heeft het wormvormig aanhangsel, een overblijfsel van een veel grotere blindzak van de darm die een functie had bij de spijsvertering, twee belangrijke nieuwe functies gekregen, namelijk de productie van immunoglobuline A en het huisvesten van een reservegemeenschap van bacteriën die herkolonisatie van het colon mogelijk maakt na verlies van de darmflora. Een ander voorbeeld zijn de hersenbanen voor het gezichtsvermogen die bij de blinde Mexicaanse grottenvis Astyanax een nieuwe functie hebben gekregen bij de reuk- en tastzin.
Ook komt het regelmatig voor dat een rudimentair orgaan geen functie heeft in het volwassen dier, maar wel in het embryo; voorbeelden zijn de ductus arteriosus en de urachus bij de mens.
