Dijkdorp, ontstaan op een oeverwal van de Oude Rijn.
In de Romeinse tijd stond ten noorden van de huidige Castellumstraat het castellum Albaniana (circa 50-250 na Chr.). In de 8ste eeuw was opnieuw sprake van bewoning op de linker Rijnoever (Hoge Zijde). In de 9de en 10de eeuw werd het dijkdorp aangeduid als Alfna. Vanaf de 17de eeuw was er een kleine dorpskom bij de brug over de Oude Rijn. Rond 1660 werd in de dorpskern het Omleidingskanaal gegraven om de bij de Alphense brug hinderlijk grote stroomsnelheid van de Oude Rijn te verlagen.
Op een oeverwal langs de rechter Rijnoever (Lage Zijde) ontwikkelden zich in de middeleeuwen dijkdorpen Aarlanderveen (Rijndijk) en Oudshoorn. De in Oude Rijn uitmondende Kromme Aar vormde de grens tussen beide dorpen. Langs de Kromme Aar vormde zich enige lintbebouwing haaks op de Oude Rijn. In 1657 werd de Kromme Aar gekanaliseerd en ontstond meer oostelijk de Nieuwe Vaart.
Met de aanleg van de spoorlijn Leiden-Woerden in 1878 aan de westzijde van het dorp ontstond meer bebouwing aan die zijde. De lineaire bebouwing van Alphen verdichtte zich in de 19de eeuw sterker dan die aan de andere zijde van de Oude Rijn in Aarlanderveen (Rijndijk) en Oudshoorn. Het zwaartepunt van Oudshoorn verplaatste zich van de kerk naar de Hooftstraat (vanaf 1865). De Stationsstraat tussen rivier en station werd vanaf circa 1900 bebouwd. Rond 1905 heeft men de Oude Rijn verbreed.
De gemeente Alphen aan den Rijn ontstond in 1918 door de samenvoeging van Aarlanderveen, Oudshoorn en Alphen. Vanaf circa 1920 verrezen aan beide zijden van de rivier nieuwe woonwijken achter de oude lintbebouwing. Na de Tweede Wereldoorlog zijn de drie kernen ruimtelijk geïntegreerd en heeft Alphen aan den Rijn aan weerszijden van de Oude Rijn een grote expansie doorgemaakt. Zo zijn onder meer in westelijke richting de Rijnhaven met industrieterrein (1959-'62 en 1965) verwezenlijkt en vanaf circa 1965 in noordelijke richting de grootschalige uitbreidingswijken Ridderveld I en Ridderveld II en in zuidelijke richting de wijk Kerk en Zanen (vanaf circa 1985). Daar is in 1994 ook het archeologische themapark Archeon aangelegd.
