Autonomie (van het Griekse αὐτονομία, autonomia) verwijst naar het vermogen om zichzelf te besturen, volgens eigen regels, en om onafhankelijk te werken, zonder externe controle en input van buitenaf.
In de moraalfilosofie is autonomie het vermogen om zelf te handelen door de eigen gedragsregels, de eigen eigen wetten te volgen. Autonomie staat synoniem voor vrijheid; het wordt gekenmerkt door het vermogen om zelfstandig te kiezen zonder beïnvloed te worden door bepaalde natuurlijke of collectieve neigingen, of om gedomineerd te worden door een externe autoriteit. Immanuel Kant heeft het ook wel gedefinieerd als het principe van zelfbepaling van de wil. Het tegenovergestelde is heteronomie.
