Oorspronkelijk een plaats onder den grond, waarin de eerste Christenen hun godsdienstoefeningen hielden en hun doden begroeven. Toen zij later hun godsdienst in het openbaar mochten belijden, werden boven die crypten, als zijnde de graven der martelaren, kerken gebouwd.
Waar dergelijke crypten niet bestonden, werden zij bij het bouwen der kerk uitgegraven en dienden dan vaak als begraafplaats voor bisschoppen en andere aanzienlijke groot waardigheidsbekleders. Daarom noemde men in de eerste christenkerken de onderaardse ruimte onder het altaar, die het graf van een martelaar bevatte, ook crypta. Later (in de lie en 15e eeuw) werden deze ruimtes vergroot en geheel als onderaardsche kapel (z= kerkje) ingericht. Soms bevatten zij het graf van een bisschop of een ander voornaam geestelijke. Ook in enkele oude kerken hier te lande zijn crypta's ontdekt, bijv. te Maastricht, Deventer, Geertruidenberg, enz.