Pompejus, na de nederlaag bij Pharsalis, vluchtte ten slotte naar Egypte, werwaarts Julius Caesar hem volgde, en de tijding ontving van den vreeselijken dood van zijn tegenstander. Hij begaf zich naar Alexandrië.
Aldaar opgehouden en van zijn leger gescheiden mengde hij zich in de geschillen tusschen Ptolemaeus en Cleopatra, kinderen van Auletes, koning van Egypte, die zijn gebied op hen had overgedragen met bevel, dat broeder en zuster, overeenkomstig landsgebruik, huwen en met gelijke macht regeeren zouden, gedurende hun minderjarigheid, Ptolemaeus was 13 jaar, Cleopatra 17, het voogdijschap over Egypte aan de Romeinen opdragende. Tusschen broeder en zuster ontstond weldra verwijdering; Cleopatra, geheel verdrongen, vluchtte naar Syrië en bracht een aanzienlijk leger bijeen, terwijl Ptolemaeus haar tegemoet trok. Julius Caesar, krachtens het door Auletés aan de Romeinen opgedragen voogdijschap, gebood broeder en zuster hun geschillen voor zijn rechterstoel te brengen en zich aan zijn beslissing te onderwerpen (48 v. C.). Hierin zagen de Egyptenaren een schending der koninlijke waardigheid en een inbreuk op de rechten hunner vorsten, doch het gelukte Caesar hen tijdelijk tevreden te stellen door de verzekering dat het zijn bedoeling niet was om als rechter vonnis te vellen, maar als vreedzaam bemiddelaar in deze geschillen, die Egypte met burgerkrijg bedreigden, op te treden; waarop besloten werd van weerszijden afgevaardigden te zenden.Cleopatra echter vertrouwde de verdediging harer rechten niet aan de welsprekendheid harer afgezanten alleen toe en verwachtte meer van een persoonlijk onderhoud met Caesar, hierbij op hare jeugd en schoonheid rekenende. Zij zond geheime boden en liet Caesar om een mondgesprek smeeken. Nauwelijks had zij hierop een toestemmend antwoord ontvangen, of zij scheepte zich met een vertrouwden dienaar, Apollodorus, in, en kwam in den schemeravond onder de muren van Alexandrië, waar zij zich in een zak gebonden door haren dienaar naar Caesar liet dragen. Caesar, getroffen over haar list, en bovenal door haar schoonheid verblind, verklaarde reeds den volgenden dag aan haar intusschen ontboden broeder, dat het testament huns vaders, zijns inziens, duidelijk aan Cleopatra een gelijk aandeel in de regeering toezegde. Ptolemaeus, de oorzaak van deze plotselinge beslissing doorzien hebbende, bracht geheel Alexandrië in opschudding; in een saamscholing voor Caesars woning werd de Egyptische vorst door Caesars lijfwacht gegrepen en aan hem overgeleverd, hetgeen het oproer nog in omvang deed toenemen, zoodat Caesar in groot gevaar van te worden omgebracht geraakte. In het dreigendst van het gevaar beklom hij een hoog balcon, en begon vandaar het volk toe te spreken, hetzelve verzekerende dat hij bereid was om alles te doen wat recht en billijkheid eischten en het gelukte hem werkelijk de ontevreden menigte door allerlei beloften voor het oogenblik tevreden te stellen. En reeds den volgenden morgen liet hij het volk bijeenroepen, en, door Ptolemaeus en Cleopatra vergezeld, in hun midden verschijnende, deed hij het testament van Auletes voorlezen, hield daarop een toespraak, waarin hij aandrong op getrouwe naleving van het testament, tevens verklarende in dit geval het eiland Cyprus, — sinds eenigen tijd in bezit der Romeinen, aan de beide andere kinderen van Auletes — Ptolemaeus en Arsinoë — af te staan.
Deze schikking vond algemeen bijval en hiermee zou de twist waarschijnlijk geëindigd zijn, doch Pothinus, die als voogd van Cleopatra’s broeder al diens daden beheerschte, in de hoop door hem Egypte te kunnen regeeren, verspreidde onder het volk geruchten dat de Romein, misbruik makende van hun lichtgeloovigheid, deze schijnschoone gelofte slechts had gegeven om zich voor het oogenblik uit het gevaar te redden, doch dat hij niets anders bedoelde dan Cleopatra in de alleenheerschappij te bevestigen. Ziende dat zijn pogingen om den romein verdacht te maken, gelukten, schreef hij aan den bevelhebber van het leger, waarmee Ptolemaeus tegen Cleopatra was opgetrokken en dat nog te Pelusium lag, naar Alexandrië op te rukken en Caesar met zijn weinige manschappen te verdrijven. De bevelhebber, Achilles, gaf hieraan gehoor. Met een leger van 20.000 geoefende strijders naderde hij Alexandrië. Caesar, dit vernemende, gebood aan Ptolemaeus een bevel aan zijn krijgsoverste uit te vaardigen, om zich van alle vijandelijkheden te onthouden, aangezien het geschil opgelost was geworden. Achilles telde dit bevel zoo weinig, dat hij den brenger grijpen deed en hem liet ombrengen.
Toen begon Caesar den ernst van zijn toestand in te zien; hij rustte zich tot den strijd uit, en besloot zich binnen de muren der stad te houden, niet in staat zijnde om zich met den vijand te meten; hij bezette alle uitgangen van het stadsgedeelte waar hij zich bevond en versterkte zich met zijn kleine strijdmacht derwijze, dat hij zich in staat rekende voorloopig eiken aanval af te slaan. xYchilles, bemerkende dat het vruchtelooze krachtverspilling zou zijn te trachten zich meester te maken van dat deel der stad, veranderde zijn krijgsplan en trok op de haven af, om zich meester te maken van de vloot der Romeinen die aldaar voor anker lag, 72 schepen sterk, waardoor hij de Romeinen den terugweg zou afgesneden hebben. Caesar doorzag zijn plannen, voorkwam en verijdelde ze door de vloot in brand te steken, zich tegelijkertijd meester makende van den vuurtoren (zie Alexandrië). Bij deze gelegenheid verbrandde een deel van de beroemde Alexandrijnsche Bibliotheek.
Caesar verwittigde alsnu den bevelhebber van zijn leger, in Klein-Azië, Domitius Calvinus, van zijn toestand; deze zond hem onverwijld twee legioenèn krijgsvolk toe; het eene scheepte hij in op vrachtschepen, het andere, bij gebrek aan voertuigen, zond hij over land; het eerste kwam terechtertijd, het andere eerst veel later. Mithridates van Pergamus bracht hem uit Syrië en Cilicië tevens met den meesten spoed een aanzienlijke krijgsmacht over. Toen het hem uit Klein-Azië over zee toegezonden legioen door tegenwind werd opgehouden, trok Caesar met het overschot zijner vloot hetzelve tegemoet; bij deze gelegenheid behaalde Caesar met zijn vloot een schitterende overwinning op zijn vijanden, die hem bij zijn terugkomst met hun vloot aangrepen. Kort daarop volgde een tweede zeeslag, waarin Caesar andermaal de zege bevocht. Om zich deze overwinning ten nutte te maken, trachtte hij zich van de Pharus-voorstad en den Haptastadium-dam meester te maken, hetgeen evenwel mislukte en bij welke poging hij zelfs bijna het leven verloor, en een verlies leed van 800 manschappen
Caesar stelde toen den nog steeds door hem gevangen gehouden koning, Ptolemaeus, vrij, hem opdragende dezen nutteloozen oorlog door zijn invloed te beëindigen, hetgeen deze weenend beloofde, evenwel in het minst geen gevolg gevend aan zijn belofte. Nauwelijks was hij in zijn leger aangekomen, of de vijandelijkheden begonnen weder met kracht. Ptolemaeus vond intusschen zijn krijgsoverste Achillus door Ganymedes, voogd van zijn zuster Arsinoë, verdrongen.
In een derden zeeslag behaalden de Romeinen nogmaals de overwinning, en kort daarop kwam Mithridates, die uit Syrië en Cilicië met een leger in aantocht was, ter hulp opdagen. Daar het Mithridates niet gelukte tot Caesars stelling door te dringen, en hij zelfs in een gevecht geslagen en slechts door zijn bondgenoot, den Idumeër Antipater van een geheelen ondergang gered werd, zocht Caesar van zijn kant zich met hem te vereenigen, hetgeen werkelijk geschiedde nog vóór de groote krijgsmacht van Ptolemaeus Mithridates bereiken kon. Weldra stieten de beide legers op elkander; een afschuwelijk bloedbad volgde; het leger der Egyptenaren werd bijna geheel vernield; Ptolemaeus, op een boot trachtende te ontkomen, stortte in den Nijl en verdronk; door den stroom met massa’s andere lijken op land geworpen werd hij slechts aan zijn gouden pantser herkend. De oorlog had geduurd van Oct. 48 tot Maart 47 v. C.
Caesar keerde na dezen slag naar Alexandrië terug, en zette de kroon van Egypte op het hoofd van Cleopatra (47 v. C.), onder bepaling dat zij haren jongsten broeder, op dat oogenblik 11 jaar oud, huwen zou naar landsgebruik, en met gelijke verdeeling der macht met hem moest regeeren. Caesar had bij Cleopatra een zoon, Ptolemaeus Caesarion genaamd. Bij zijn vertrek naar Syrië tegen Pharmaces nam hij Cleopatra’s zuster, prinses Arsinoë, uit vrees dat deze de door hem begunstigde vorstin gevaarlijk zou kunnen worden, met zich mee; later moest zij te Rome, in gouden ketenen geslagen, zijn zegekar volgen. In aansluiting hierop, zie Afrikaansche oorlog.,
