De oorspronkelijke betekenis van weerwil was ‘rebellie, emotioneel verzet’ tegen iemand of iets. Het woorddeel weer betekende ‘in strijd met’; het zit bijvoorbeeld ook in weerspannig, weerstand en weerstreven. In de tweede helft van de zeventiende eeuw ontstond er een uitdrukking in weerwil, zonder de bepaling met van. In een toneelstuk van Pieter Langendijk (omstreeks 1720) zegt iemand:
De zuchten, die uw hart in wederwil ontvlogen,
Zyn die geen tekens dat de min [= liefde] die droefheid wekt?
Begin achttiende eeuw vinden we de uitdrukking voor het eerst in zijn huidige vorm, met als betekenis ‘ondanks’.