Het geheel aan symbiontische micro-organismen die in en op een gastheer leven
Elk dier en zeker ook de mens leeft samen met talloze micro-organismen in de darm, in de mondholte, op de huid en in de uiteinden van de geslachtsgangen. Voor de mens wordt het aantal bacteriële cellen van het microbioom geschat op 39 biljoen (de mens zelf bezit ongeveer 30 biljoen cellen). Deze behoren tot 10.000 verschillende soorten en bevatten met elkaar 8 miljoen genen (de mens zelf heeft 21.000 genen). Het mag geen wonder heten dat zo’n omvangrijke gemeenschap aan micro-organismen een grote invloed heeft op de gezondheid en het welbevinden van de mens. Het effect dat bacteriën hebben op het darmepitheel kan door de hersenen waargenomen worden met entero-endocriene cellen die axonen van de nervus vagus direct kunnen aanslaan. Daarnaast produceert de darm hormonen en andere signaalstoffen die aan het bloed afgegeven worden en elders in het lichaam effecten hebben. Er zijn dan ook pleidooien gevoerd om de mens samen met zijn microbioom als één geheel te zien, als holobiont.
Het microbioom verschilt van persoon tot persoon. Dit hangt gedeeltelijk samen met de voeding, maar er is ook een erfelijke invloed. Een deel van het microbioom wordt bepaald door erfelijke immunologische factoren van de gastheer waardoor iemands microbioom soms meer lijkt op dat van zijn ouders dan op dat van zijn of haar partner.
Een pasgeboren baby heeft een beginnend microbioom afkomstig van het geboortekanaal van de moeder. Het microbioom van het kind bouwt zich gedurende enkele jaren op door overdracht vanuit de moeder (borstvoeding, knuffelen) en het milieu.
