Zich voedend met bacteriën of andere microben zoals eencellige protisten en schimmels
Bacteriën zijn overal maar omdat ze zo klein zijn vormen ze alleen voor microscopisch kleine organismen een belangrijke voedselbron. Bacteriofagen (bacterievirussen) en bacteriovore bacteriën (bijv. Bdellovibrio bacteriovorus) “eten” ook bacteriën, maar de term microbivorie wordt vooral gebruikt voor protisten en kleine dieren met een bacterie-etende voedingswijze.
In het plankton van zoet en zout water leven veel protisten die grazen op bacteriën, hetzij in suspensie, hetzij in een biofilm. Het fylum Ciliata of Ciliophora (in het Nederlands trilhaardiertjes, maar het zijn eencellige protisten, geen dieren) bestaat voor een groot deel uit microbivoren. Ze wekken met hun trilharen een voedselstroom op naar een wat dieper gelegen plek op de cel (de “mond”), waar via fagocytose voedselpartikels opgenomen worden.
Een andere belangrijke groep microbivoren zien we bij de rondwormen (Nematoda). Deze dieren “slurpen” bacteriën naar binnen. De nematode worm Caenorhabditis elegans kan gemakkelijk gekweekt worden op bacteriën (bijv. Escherichia coli), wat belangrijk heeft bijgedragen aan zijn status als modeldier.
In sommige ecosystemen wordt de voedselketen geheel ondersteund vanuit microbivorie. Dit is het geval als plantaardige productie door fotosynthese geen rol speelt, zoals bij hydrothermale uitlaten op de oceaanbodem waar het pikdonker is. Chemo-autotrofe bacteriën die energie ontlenen aan chemische reacties vormen in zulke systemen de basis voor de voedselketen, die via microbivorie voortgezet wordt. Een soortgelijke situatie treedt op in tijdelijke savanne-poelen die eens per jaar droogvallen en geen florerende algengemeenschap kennen. De voedselketen begint dan met microbivoren die leven van organisch materiaal en bacteriën in het sediment. Zulke meren worden argillotroof genoemd.
