Proces van kleinschalige, stapsgewijze veranderingen waardoor soorten zich aanpassen aan het milieu
Micro-evolutie staat tegenover macro-evolutie. Micro-evolutie speelt zich af binnen een soort, het betreft veranderingen van allelfrequenties onder invloed van selectie en drift. Door micro-evolutie past een soort zich aan zijn omgeving aan en kunnen nieuwe soorten ontstaan (speciatie) die aanvankelijk sterk lijken op de moedersoort maar daar gaandeweg van gaan verschillen. Micro-evolutie komt overeen met het klassieke beeld van soortvorming door natuurlijke selectie zoals voorgesteld door Charles Darwin.
Micro-evolutie kan goed beschreven worden met het raamwerk van de populatiegenetica. Door mutaties met kleine fenotypische effecten ontstaat een continue verdeling van verschillen waar natuurlijke selectie op aangrijpt; de best aangepaste fenotypes hebben de hoogste fitness en maken daardoor een groter aandeel uit van de volgende generatie.
Macro-evolutie komt overeen met het beeld zoals dat zich opdringt vanuit de fossiele gegevens. Daar zien we dat soorten lange tijd dezelfde verschijningsvorm hebben totdat op een gegeven moment een nieuwe groep soorten ontstaat, een nieuw fylum met een nieuw bouwplan dat sterk verschilt van wat er al was.
Er is geen scherpe grens te trekken tussen micro- en macro-evolutie; het onderscheid is enigszins kunstmatig. Het ontstaan van soorten kan in beide categorieën vallen. Het ontstaan van de zoogdieren uit de reptielen is een voorbeeld van macro-evolutie, terwijl de evolutie van de mens uit een aapmensachtige voorouder een proces van micro-evolutie genoemd kan worden.
Bij macro-evolutie spelen mutaties in het ontwikkelingsprogramma een grotere rol maar grosso modo zijn evolutiebiologen er van overtuigd dat het mechanisme achter macro-evolutie in essentie hetzelfde is als dat achter micro-evolutie.
