Intracellulair blaasje, onderdeel van een grote verzameling soortgelijke blaasjes, die enzymen bevatten waarmee eiwitten en andere organische moleculen afgebroken kunnen worden
Lysosomen zijn blaasjes (vesiculae) die zich afgesnoerd hebben van het Golgi-apparaat, dat weer onderdeel is van het uitgebreide netwerk van intracellulaire membranen zoals het endoplasmatisch reticulum. Lyososomen werken samen met andere intracellulaire blaasjes, fagosomen, die ontstaan bij fagocytose. Het lysosoom bevat hydrolytische enzymen en heeft een lage pH. Als het versmelt met een fagosoom worden de enzymen daarin uitgestort waardoor de inhoud wordt verteerd. Dit is de meest eenvoudige manier van voedselverwerking die door veel ongewervelde dieren in de darm wordt toegepast. Als er nog een restant overblijft wordt dat verwijderd doordat het blaasje met de celmembraan fuseert (exocytose).
Lysosomen nemen ook DNA-fragmenten en andere cellulaire restanten op als onderdeel van de apoptose en vormen dan een “apoptotisch lichaampje”, dat opgeruimd wordt door macrofagen van het immuunsysteem. Tenslotte accumuleren lysosomen ook eigen moleculen die opgeruimd moeten worden, o.a. metallothioneïne beladen met metalen. In het lysosoom ontstaat in dat geval dan een minerale concretie of granulum.
Omdat lysosomen zich in de cel bewegen en gebruik maken van het cytoskelet staat hun activiteit ook bekend als cellulair “verkeer” (“trafficking”).
Het lysosomale systeem is een typische verworvenheid van de Eukaryota. Bij de eukaryotisering ging de starre prokaryotische celwand verloren, waardoor de celmembraan flexibel werd en naar binnen kon plooien, onder vorming van blaasjes en intracellulaire membraan-omhulde compartimenten. Maar de basismachinerie die nodig is voor de vorming van vesiculae wordt ook aangetroffen in metagenomen van Asgard-Archaea. De vorming van intracellulaire membraansystemen liep waarschijnlijk vooruit op de opname van de endosymbiontische voorouder van het mitochondrion.
