Onverenigbaar; niet passend; ongeschikt om nakomelingen mee te krijgen
De term incompatibiliteit wordt in de evolutiebiologie gebruikt in relatie tot seksuele systemen. Twee individuen zijn seksueel incompatibel als ze wel tot dezelfde soort behoren maar niet in staat zijn samen nakomelingen te krijgen. Het is vooral bekend van schimmels, waarbij de seksuele uitwisseling alleen kan plaatsvinden tussen verschillende paringstypen. Dit systeem van meerdere paringstypen vervangt bij schimmels het meer gebruikelijke systeem bij de Eukaryota, namelijk twee geslachten (zie het lemma paringstype).
Bij planten is zelf-incompatibiliteit een belangrijk verschijnsel; het is een mechanisme waardoor planten met tweeslachtige bloemen niet zichzelf kunnen bevruchten, hoewel de meeldraden en stampers dicht bij elkaar geplaatst zijn. Dat gebeurt meestal door een factor vanuit de stempel die verhindert dat het stuifmeel kiemt of dat de pollenbuis door de stijl groeit, als het stuifmeel afkomstig is van dezelfde plant. Er zijn binnen de bloemplanten verschillende, onafhankelijk van elkaar geëvolueerde moleculaire systemen die dit effect hebben. Bij hermafrodiete dieren komt zoiets niet voor, voor zover bekend; deze prefereren wel kruisingen met andere individuen maar veel hermafrodieten kunnen ook zichzelf bevruchten.
Een bijzonder geval is de incompatibiliteit opgelegd door symbionten zoals de bacteriën Wolbachia en Cardinium. Omdat deze organismen in het cytoplasma zitten worden ze alleen via de vrouwelijke lijn van de gastheer doorgegeven. Ze vergroten die kans door te bewerkstelligen dat symbiont-geïnfecteerde mannetjes seksueel incompatibel zijn met niet geïnfecteerde vrouwtjes. Men noemt dit cytoplasmatische incompatibiliteit.
Incompatibiliteit is een belangrijk mechanisme voor speciatie (soortvorming). Reproductieve isolatie die veroorzaakt wordt seksuele incompatibiliteit noemt men Bateson-Dobszhansky-Muller-incompatibiliteit, naar de drie biologen die hieraan gewerkt hebben.
