Chromosoommutatie waarbij een DNA-sequentie ingevoegd of weggevallen is (inserties en deleties)
Indel is een samentrekking van “insertie” en “deletie”. Deze twee veranderingen in het DNA zijn elkaars tegenhanger want wat in een alignment voor de ene sequentie een deletie is kan voor de andere een insertie zijn. Indels kunnen in lengte variëren van één tot 10.000 nucleotiden maar omvatten typisch 5-150 bp. Korte indels worden veroorzaakt door fouten bij de DNA-replicatie, de langere door ongelijke crossing-over bij de meiose. Ook virussen kunnen indels veroorzaken. Na SNPs zijn indels de belangrijkste bron van polymorfieën in het humane genoom.
Bij modelsoorten blijkt de frequentie van deleties over het algemeen hoger te zijn dan de frequentie van inserties; deleties zijn een factor die de groei van een genoom beperken.
Niet-coderende DNA-segmenten zijn het rijkst aan indels. Indels in promotersequenties zijn een bron van variatie in transcriptionele regulatie van het achterliggende gen als ze de positie van bindingsplaatsen voor transcriptiefactoren veranderen. Indels kunnen ook voorkomen in het open leesraam van een gen. Dit geeft dan meestal een verschoven leesraam (“frameshift mutation”), waardoor de transcriptie voortijdig eindigt in een stopcodon. Bij een deletie van drie nucleotiden of een veelvoud daarvan in fase met het open leesraam ontbreken een of meer aminozuren in het eiwit.
Indels zijn een belangrijke bron van verschillen tussen de genomen van mens en chimpansee. Indels worden niet meegenomen in de stelling dat mens en chimpansee in hun DNA-sequentie voor 98.5% identiek zijn. De Amerikaanse geneticus Roy Britton stelde dat, rekening houdend met indels, dit percentage eerder 95% moet zijn.
