De parasitaire Protozoa leven hetzij uitwendig (ectoparasieten), hetzij in hun gastheer (endoparasieten). Veleendoparasieten leven in holten, zoals de darmholte (b.v.
Entamoeba histolytica, de verwekker van de amoeben dysenterie), de bloedvaten (b.v. Trypanosoma-soorlen), de lichaamsholte, de urineblaas enz.
Andere parasiteren tussen de cellen van een weefsel of binnen cellen (b.v. Plasmodium-soorten, de verwekkers van de malaria), of zelfs alleen in de celkern.
Ook bij de planten vindt men pathogene Protisten, b.v. in de melksapvaten van Euphorbiaceae en andere plan tenfamilies en de zeer gevreesde Plasmodiophora brassicae, die een sterke hypertrofie van de wortelcellen (knolvoet) bij koolsoorten veroorzaakt.De aanpassingen aan de parasitaire levenswijze kunnen zeer vérgaand zijn. Bij de Sporozoa, die alle parasieten zijn, zorgt b.v. een ongeslachtelijke vermenigvuldiging voor grote aantallen nakomelingen, daardoor de geringe kans om een nieuwe gastheer te vinden compenserend, Parasieten moeten daarenboven aangepast zijn aan een anaërobe levenswijze en geen schadelijke invloed ondergaan van de verterende enzymen van de gastheer.
De graad van specificiteit loopt bij verschillende soorten van parasitaire Protisten sterk uiteen, zowel wat betreft de keuze van de gastheersoort als wat betreft de plaats in het lichaam van de gastheer welke wordt geïnfecteerd. Zo is
b.v. Trypanosoma lewisi beperkt tot rattenbloed, terwijl de daaraan nauw verwante soort T. brucei in het bloed van alle huisdieren voor kan komen. Myxoboluspfeifferi infecteert alle weefsels van de barbeel, terwijl Isotriehaprostoma alleen in de pens van de herkauwersmaag voorkomt.
Darmparasieten hebben meestal geen tussengastheer, daar de voortplantingsstadia de darm kunnen verlaten en door de mond (per os) door een volgende gastheer kunnen worden opgenomen. Bloedparasieten moeten echter zijn aangepast aan het leven in de darm van een bloedzuigende tussengastheer, die ze op een andere gastheer overbrengt. Deze soorten hebben dan ook veelal een ingewikkelde levenscyclus (b.v. de malariaparasiet, Plasmodium).
