Fylogenie of stamverwantschap in ruimere zin betreft de vermoedelijke veranderingen der systematische groepen in komt natuurlijk tot stand door differentiatie in eindeloze rijen genealogieën of ontogenieën (tezamen wel hologenie genoemd), maar zolang aard en wording der systematische eenheden zo weinig duidelijk zijn, zal ook de stamwording niet geheel begrepen kunnen worden. Onze meest zekere gegevens van fylogenetische conclusies zijn de fossielen, die door hun statigrafische en dus chronologische opeenvolging — intussen enigszins een circulus viciosus aangezien de stratigrafie weer grotendeels op gidsfossielen berust — de richting der veranderingen aangeven.
Het is duidelijk dat daarbij minder onzekerheid bestaat t.a.v. de verandering van bepaalde concrete organen (organogenie)dan t.a.v. die der meer abstracte systematische eenheden (fylogenie in engere zin), die eerst enigszins duidelijk wordt door correlatie van verscheidene organogenesen. De processen die tot die veranderingen leiden, maar ook wel die veranderingen zelf, vat men samen onder de term evolutie . De termen fylogenie en evolutie zijn vaak bijna identiek; bij fylogenie denkt men meestal meer in het bijzonder aan systematische eenheden. Niet zelden vindt men in de literatuur gevallen vermeld als fylogenie zonder dat zij gebaseerd zijn op fossielen. Dit is onjuist. Men doet beter dan van vermoede verwantschapsbetrekkingen te spreken .
